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- PDB-2pxs: Crystal Structure of N66D Mutant of Green Fluorescent Protein fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pxs
タイトルCrystal Structure of N66D Mutant of Green Fluorescent Protein from Zoanthus sp. at 2.2 A Resolution (Mature State)
要素GFP-like fluorescent chromoprotein FP506
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Zoanthus family / red fluorescent protein / green fluorescent protein / chromophore structure
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / GFP-like fluorescent chromoprotein FP506
機能・相同性情報
生物種Zoanthus sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pletnev, S.V. / Pletneva, N.V. / Tikhonova, T.V. / Pletnev, V.Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Refined crystal structures of red and green fluorescent proteins from the button polyp Zoanthus.
著者: Pletneva, N. / Pletnev, V. / Tikhonova, T. / Pakhomov, A.A. / Popov, V. / Martynov, V.I. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506
B: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5012
ポリマ－51,5012
非ポリマー00
水4,288238
1
A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506

A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506

A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506

A: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0024
ポリマ－103,0024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
2
B: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506

B: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506

B: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506

B: GFP-like fluorescent chromoprotein FP506


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0024
ポリマ－103,0024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)101.510, 101.510, 271.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 GFP-like fluorescent chromoprotein FP506 / zFP506


分子量: 25750.500 Da / 分子数: 2 / 変異: N66D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoanthus sp. (無脊椎動物) / プラスミド: pQE30-zGFP506_N66D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Y5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M bis-tris propane, 1.8 M tri-ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 42936 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.2814.70.66341840.785100
2.28-2.3714.70.47142050.804100
2.37-2.4814.70.3542270.826100
2.48-2.6114.70.24942270.902100
2.61-2.7714.70.16442171.028100
2.77-2.9914.60.11142811.013100
2.99-3.2914.60.06942761.018100
3.29-3.7614.30.0643181.003100
3.76-4.7314.10.0543620.95699.6
4.73-3013.30.04846391.06798.8

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.401 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.599
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å47.95 Å
Translation3.5 Å47.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: zGFP506

解像度: 2.2→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.249 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2160 5.2 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 41863 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3670 0 0 238 3908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.9755116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1325450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47424.217166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58215638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.771516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22499
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1181.52336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94423670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95431706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5124.51446
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 149 -
Rwork0.253 2951 -
obs-3100 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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