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- PDB-3cqn: Crystal Structure of the Lipocalin domain of Violaxanthin de-epox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cqn
タイトルCrystal Structure of the Lipocalin domain of Violaxanthin de-epoxidase (VDE) at pH7
要素Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lipocalin / Enzyme / de-epoxidase / Xanthophyll cycle / non photochemical quenching / NPQ / Violaxanthin / Antheraxanthin / Zeaxanthin / pH dependant transition / Chloroplast / Membrane / Thylakoid / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


violaxanthin de-epoxidase / xanthophyll cycle / violaxanthin de-epoxidase activity / chlorophyll metabolic process / thylakoid lumen / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / fatty acid metabolic process / response to heat ...violaxanthin de-epoxidase / xanthophyll cycle / violaxanthin de-epoxidase activity / chlorophyll metabolic process / thylakoid lumen / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / fatty acid metabolic process / response to heat / protein domain specific binding / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
VDE lipocalin domain / Violaxanthin de-epoxidase / VDE lipocalin domain / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Violaxanthin de-epoxidase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Arnoux, P. / Morosinotto, T. / Pignol, D.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2009
タイトル: A structural basis for the pH-dependent xanthophyll cycle in Arabidopsis thaliana.
著者: Arnoux, P. / Morosinotto, T. / Saga, G. / Bassi, R. / Pignol, D.
履歴
登録2008年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast
B: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6872
ポリマ－42,6872
非ポリマー00
水2,846158
1
A: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3431
ポリマ－21,3431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3431
ポリマ－21,3431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.634, 52.458, 54.605
Angle α, β, γ (deg.)82.520, 75.990, 74.540
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 83 - 250 / Label seq-ID: 7 - 174

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological unit is a monomer at pH7 and a dimer at pH5. There are two biological units in the asymmetric unit at pH7 (chain A and chain B)

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要素

#1: タンパク質 Violaxanthin de-epoxidase, chloroplast / Protein NON-PHOTOCHEMICAL QUENCHING 1 / AtVxDE


分子量: 21343.457 Da / 分子数: 2 / 断片: Lipocalin Domain (UNP residues 191-366) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VDE1, AVDE1, NPQ1, VXDE / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q39249, EC: 1.10.99.3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG3350, MgNO3, Benzamidine HCl, pH 7, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 23574 / Num. obs: 23574 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6787 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 97.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AtVDE at pH5

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 9.915 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1199 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.2 22270 --
obs0.2 22270 96.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.02 Å2-0.11 Å2
2--0.09 Å20.02 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2603 0 0 158 2761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2051.9243666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2265323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.22724.266143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.42115407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7921514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21804
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3891.51651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18922614
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.34431214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8384.51050
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1278 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.520.5
MEDIUM THERMAL1.212
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 81 -
Rwork0.237 1634 -
all-1715 -
obs--96.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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