PDB-4xb6: Structure of the E. coli C-P lyase core complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xb6

タイトル

Structure of the E. coli C-P lyase core complex

要素

(Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit ...) x 3
Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase

キーワード

TRANSFERASE / protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase activity / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase activity / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase complex / carbon phosphorus lyase complex / organic phosphonate metabolic process / organic phosphonate transport / organic phosphonate catabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Brodersen, D.E.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the bacterial carbon-phosphorus lyase machinery.
著者: Paulina Seweryn / Lan Bich Van / Morten Kjeldgaard / Christopher J Russo / Lori A Passmore / Bjarne Hove-Jensen / Bjarne Jochimsen / Ditlev E Brodersen /

要旨: Phosphorus is required for all life and microorganisms can extract it from their environment through several metabolic pathways. When phosphate is in limited supply, some bacteria are able to use ...

履歴

登録	2014年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xb6.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xb6.ent.gz	936.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xb6_validation.pdf.gz	508.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xb6_full_validation.pdf.gz	520.2 KB	表示
XML形式データ	4xb6_validation.xml.gz	86 KB	表示
CIF形式データ	4xb6_validation.cif.gz	129.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xb6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3033C 2fsuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4904 6rjg-d 4r7y-d 4900 6gtg-d 2rkj-4 6i1k-d 5mu1-d 6q0d-d 5nz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnG

B: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnH

C: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnI

D: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase

E: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnG

F: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnH

G: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnI

H: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase

ヘテロ分子

218 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.510, 133.710, 176.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit ... , 3種, 6分子 AEBFCG

#1: タンパク質	Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnG / RPnTP synthase subunit PhnG 分子量: 16560.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: phnG, b4101, JW4062 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HO2735 参照: UniProt: P16685, alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase
#2: タンパク質	Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnH / RPnTP synthase subunit PhnH 分子量: 21226.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cloning introduced mutation Q152R 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: phnH, b4100, JW4061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HO2735 参照: UniProt: P16686, alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase
#3: タンパク質	Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnI / RPnTP synthase subunit PhnI / Ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase nucleosidase subunit 分子量: 38922.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cloning introduced mutation A322V 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: phnI, b4099, JW4060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HO2735 参照: UniProt: P16687, alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 DH

#4: タンパク質	Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase / PRPn C-P lyase 分子量: 31879.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: phnJ, b4098, JW4059 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HO2735 参照: UniProt: P16688, alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase

#4: タンパク質

Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase / PRPn C-P lyase

分子量: 31879.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: phnJ, b4098, JW4059 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HO2735
参照: UniProt: P16688, alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase

-
非ポリマー , 3種, 1800分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG 10000, 0.1 M Hepes, pH 7.5, 1 mM trisodium citrate dihydrate, 3% (w/v) 1,8-diaminooctane, and 5 mM 2-mercaptoethanol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→58.91 Å / Num. obs: 247086 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 1.038 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1593	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: 2FSU

2fsu

解像度: 1.7→58.36 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.176	12423	5.03 %
R_work	0.1485	-	-
obs	0.1499	246797	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→58.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15093	0	24	1792	16909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15488
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.173	21057
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.367	5779
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3051	399	0.2804	7603	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7193-1.7396	0.2804	390	0.2577	7746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7396-1.7608	0.281	435	0.248	7723	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7608-1.7831	0.2605	452	0.231	7667	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7831-1.8065	0.2716	416	0.2238	7758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.247	439	0.2141	7689	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8313-1.8574	0.2315	381	0.205	7786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8852	0.2309	422	0.1919	7746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.9146	0.2185	409	0.1824	7761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2284	404	0.1751	7791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9796	0.1888	418	0.1624	7780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9796-2.0156	0.1951	397	0.1568	7771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.0543	0.1869	426	0.1525	7794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0963	0.1933	398	0.1528	7797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0963-2.1419	0.1672	376	0.1472	7788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1419-2.1917	0.1934	437	0.1472	7815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1917-2.2465	0.1747	402	0.1377	7779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2465-2.3072	0.1786	414	0.1355	7844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.3751	0.1653	445	0.1332	7729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4518	0.169	389	0.1296	7860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4518-2.5394	0.1743	423	0.1333	7771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5394-2.6411	0.1677	406	0.133	7798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6411-2.7613	0.1673	417	0.1349	7828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7613-2.9069	0.1681	407	0.1409	7883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9069-3.089	0.1714	384	0.1417	7883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.089-3.3275	0.175	399	0.1455	7863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3275-3.6623	0.1573	435	0.1406	7909	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6623-4.1921	0.1436	416	0.1261	7959	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1921-5.2811	0.1386	431	0.1235	7988	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2811-58.3943	0.1768	456	0.162	8265	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0312	-0.0377	0.3393	1.5331	-0.0383	0.5702	0.1077	-0.0274	-0.3482	0.0166	-0.0404	0.3142	0.2381	-0.145	-0.0658	0.2598	-0.0695	0.0198	0.1897	-0.0532	0.3216	20.9089	-27.9066	5.0635
2	0.624	-0.5527	-0.498	1.0097	0.1723	0.9983	0.0177	-0.0895	0.0602	0.0633	-0.0729	0.2005	-0.0331	-0.2299	0.0677	0.1999	-0.0075	0.0086	0.262	-0.0975	0.2337	14.8089	24.6896	37.3747
3	1.4825	-0.2267	-0.0165	0.9817	-0.0534	0.8144	0.0443	0.1101	0.4799	0.0206	-0.0586	-0.1263	-0.1643	0.0022	-0.0041	0.18	0.0049	-0.0184	0.1572	0.0783	0.4035	29.2038	49.4348	-2.6298
4	1.1643	-0.5115	-0.2059	1.1224	0.3446	1.2648	-0.2281	-0.1276	-0.6276	0.2772	0.0777	0.0736	0.4849	0.1748	0.0769	0.4322	0.0853	0.1061	0.1676	0.0995	0.3942	67.1873	-33.2784	24.2518
5	0.5624	-0.1304	0.0299	0.5132	0.0278	0.5111	-0.0377	-0.1018	0.0858	0.0893	0.0188	0.0301	-0.0413	-0.0459	0.0134	0.1395	-0.0022	0.0197	0.1243	-0.0241	0.1363	34.5351	11.8875	20.7917
6	0.621	-0.139	0.073	0.5306	0.0096	0.4655	0.0052	-0.001	-0.0533	0.0087	-0.0114	0.0501	0.0831	-0.0117	0.0047	0.1447	-0.0168	0.0194	0.1248	-0.0168	0.1393	35.9934	-4.5472	10.0888
7	0.9756	-0.0119	0.088	1.0334	0.0406	0.7562	0.0239	0.2555	0.0848	-0.1504	-0.0442	-0.0052	0.0442	-0.0039	0.0209	0.1364	0.0161	-0.0069	0.1992	0.0425	0.1624	30.8993	20.9045	-12.0723
8	1.5903	-0.4204	-0.4451	0.9777	0.3198	1.2425	-0.1392	-0.3917	0.0363	0.2493	0.1111	-0.0749	0.1015	0.1556	0.009	0.2344	0.0503	-0.0207	0.2194	0.0155	0.1114	58.7987	-6.9058	35.7489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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