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万見
- PDB-5nz8: Clostridium thermocellum cellodextrin phosphorylase with cellotet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nz8
タイトルClostridium thermocellum cellodextrin phosphorylase with cellotetraose and phosphate bound
要素Cellodextrin phosphorylase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase family 94 / cellodextrin phosphorylase / cellulose synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / : / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily ...Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / : / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / PHOSPHATE ION / Cellodextrin phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者O'Neill, E.C. / Pergolizzi, G. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Nepogodiev, S.A. / Field, R.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 (MET) 英国
EPSRC and InnovateUKBB/M02903411 英国
John Innes Foundation 英国
引用ジャーナル: Carbohydr. Res. / 年: 2017
タイトル: Cellodextrin phosphorylase from Ruminiclostridium thermocellum: X-ray crystal structure and substrate specificity analysis.
著者: O'Neill, E.C. / Pergolizzi, G. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Nepogodiev, S.A. / Field, R.A.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellodextrin phosphorylase
B: Cellodextrin phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,5186
ポリマ－228,9952
非ポリマー1,5234
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13590 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area63100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.810, 152.970, 92.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 984 / Label seq-ID: 26 - 1009

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cellodextrin phosphorylase


分子量: 114497.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was expressed with a 25 residue nickel affinity tag with sequence MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLEDP appended to the N-terminus of the full-length amino acid sequence
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
遺伝子: cdp-ym4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q93HT8
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→27.62 Å / Num. obs: 41938 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 141679 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3-3.083.41.0860.4250.6921.29194.8
13.42-27.623.20.0210.9990.0140.02580

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5NZ7

5nz7


解像度: 3→27.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 58.237 / SU ML: 0.449 / SU R Cruickshank DPI: 0.4498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.487
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 2133 5.2 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.2128 39167 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 213.65 Å2 / Biso mean: 106.195 Å2 / Biso min: 67.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å20 Å20.03 Å2
2---4.06 Å20 Å2
3---4.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→27.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14027 0 100 0 14127
Biso mean--133.71 --
残基数----1858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01914451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.93819676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.899328896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20951848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36724.094640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.367152060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3931564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.22244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023140
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 53420 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.001→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 134 -
Rwork0.35 2438 -
all-2572 -
obs--82.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59670.40691.51341.5791-1.45515.8426-0.1771-0.39470.42190.3136-0.0074-0.3892-0.33390.51330.18450.12230.0316-0.09350.5916-0.22120.547623.0145-11.599842.0915
23.0382-1.5307-0.22351.68850.51761.8001-0.1448-0.4996-0.46980.33110.27550.45930.2687-0.0046-0.13070.1235-0.0031-0.01160.15290.20830.3985-11.252-34.514143.1541
31.70770.2273-1.16740.37340.67353.3635-0.16881.22610.1096-0.14830.23830.210.4073-0.6734-0.06950.696-0.127-0.49990.9020.15510.7667-1.9601-49.388515.7414
43.149-0.4872-0.86192.59210.21681.3575-0.00250.3674-0.1514-0.60640.1728-0.11380.28760.2881-0.17030.3460.119-0.12830.3148-0.04490.329517.2618-46.398418.0709
52.0725-0.9235-1.05713.44793.21794.3122-0.2325-0.879-0.08540.77660.09130.3198-0.0002-0.15350.14120.59380.1930.09620.66190.24110.5873-33.6529-15.08857.5614
63.3552-1.1960.13422.00680.14851.4715-0.0067-0.10370.71830.03650.1276-0.2791-0.18290.2584-0.12090.0398-0.049-0.0350.07560.01320.3818-6.66310.24931.1253
70.08770.00940.12570.60581.38334.05630.08090.2495-0.0677-0.30220.02750.03870.0915-0.0542-0.10840.8432-0.116-0.10250.9910.15210.9987-31.4851-4.87872.0707
83.54470.2641-0.36872.5235-0.91442.3084-0.06550.50480.1028-0.48660.25090.54170.0474-0.4307-0.18530.1053-0.0251-0.12060.24980.2080.5044-44.3880.032619.971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2A119 - 481
3X-RAY DIFFRACTION3A482 - 694
4X-RAY DIFFRACTION4A695 - 984
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6B105 - 479
7X-RAY DIFFRACTION7B480 - 704
8X-RAY DIFFRACTION8B705 - 984

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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