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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xaw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human 4E10 Fab in complex with its peptide epitope on HIV-1 gp41: Crystals cryoprotected with phosphatidic acid (08:0 PA) | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 gp41 MPER / 4E10 Fab / lipid membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Irimia, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Identification of Lipid as an Integral Component of the Epitope of HIV Broadly Neutralizing Antibody 4E10. 著者: Irimia, A. / Sarkar, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23395.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 24180.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2187.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05877*PLUS | ||||
#4: 化合物 | 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | TWO UNKNOWN LIGANDS (UNL) HAVE BEEN MODELED. BASED ON ELECTRON DENSITY AND INTERACTION ...TWO UNKNOWN LIGANDS (UNL) HAVE BEEN MODELED. BASED ON ELECTRON DENSITY AND INTERACTIO | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: Crystals grew from 1:1 protein complex:reservoir solution sitting drops equilibrated against 20% PEG 8000, 0.2 M sodium acetate, pH 5.5, 0.2 M sodium thiocyanate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→23.684 Å / Num. obs: 86888 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.51 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 73.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2FX7 解像度: 1.47→23.684 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→23.684 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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