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- PDB-4xaj: Crystal structure of human NR2E1/TLX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xaj
タイトルCrystal structure of human NR2E1/TLX
要素
  • Atrophin/grunge
  • Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN/TRANSCRIPTION / helical sanwich / TRANSPORT PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain generation of neurons / : / inter-male aggressive behavior / regulation of timing of neuron differentiation / polytene chromosome interband / anterior commissure morphogenesis / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / NAD-dependent histone H3K14 deacetylase activity / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 ...forebrain generation of neurons / : / inter-male aggressive behavior / regulation of timing of neuron differentiation / polytene chromosome interband / anterior commissure morphogenesis / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / NAD-dependent histone H3K14 deacetylase activity / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / imaginal disc-derived leg morphogenesis / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / aggressive behavior / anatomical structure development / segmentation / larval somatic muscle development / amygdala development / negative regulation of neural precursor cell proliferation / cerebral cortex neuron differentiation / segment specification / layer formation in cerebral cortex / chromatin => GO:0000785 / eye development / olfactory bulb development / embryonic pattern specification / dentate gyrus development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / histone deacetylase / nuclear steroid receptor activity / regulation of dendrite morphogenesis / histone deacetylase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of stem cell proliferation / carbohydrate transport / somatic stem cell population maintenance / social behavior / negative regulation of astrocyte differentiation / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / negative regulation of neuron differentiation / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / behavioral fear response / cell fate commitment / positive regulation of cell cycle / negative regulation of smoothened signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / visual perception / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / extracellular matrix organization / cell chemotaxis / Regulation of PTEN gene transcription / long-term synaptic potentiation / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of angiogenesis / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / retina development in camera-type eye / nervous system development / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / periplasmic space / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Atrophin-like / Atrophin-1 family / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain ...Atrophin-like / Atrophin-1 family / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Grunge, isoform J / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Grunge, isoform A / Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.551 Å
データ登録者Zhi, X. / Zhou, E. / Xu, E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for corepressor assembly by the orphan nuclear receptor TLX.
著者: Zhi, X. / Zhou, X.E. / He, Y. / Searose-Xu, K. / Zhang, C.L. / Tsai, C.C. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2014年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
C: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
Q: Atrophin/grunge
B: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
D: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
P: Atrophin/grunge
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,70710
ポリマ－258,3386
非ポリマー1,3694
水00
1
A: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
C: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
Q: Atrophin/grunge
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8545
ポリマ－129,1693
非ポリマー6852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area49660 Å2
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
D: Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1
P: Atrophin/grunge
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8545
ポリマ－129,1693
非ポリマー6852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area49890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.260, 130.743, 308.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Maltose-binding periplasmic protein,Nuclear receptor subfamily 2 group E member 1 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Nuclear receptor TLX / Protein tailless homolog / hTll


分子量: 63539.387 Da / 分子数: 4 / 断片: maltose binding protein fused ligand binding domain
変異: K257R, N259T, K260L, C338V,K257R, N259T, K260L, C338V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, NR2E1, TLX / プラスミド: pETduet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q9Y466, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Atrophin/grunge


分子量: 2090.319 Da / 分子数: 2 / 断片: atro box motif / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8IQA6, UniProt: M9PHT1*PLUS
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→39.897 Å / Num. obs: 35657 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10.2 % / Net I/σ(I): 8.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
Oモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 3.551→39.897 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 2528 7.13 %
Rwork0.2725 --
obs0.2754 35464 97.79 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.551→39.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18008 0 92 0 18100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00618500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37325135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2476795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5507-3.61890.3631180.33591790X-RAY DIFFRACTION96
3.6189-3.69270.37711360.32321811X-RAY DIFFRACTION100
3.6927-3.7730.33991530.31921809X-RAY DIFFRACTION98
3.773-3.86070.35571310.31521771X-RAY DIFFRACTION97
3.8607-3.95710.36511390.29381841X-RAY DIFFRACTION99
3.9571-4.0640.31321410.29771783X-RAY DIFFRACTION97
4.064-4.18350.29891340.27871820X-RAY DIFFRACTION99
4.1835-4.31840.33211100.27851799X-RAY DIFFRACTION96
4.3184-4.47250.36331540.26731814X-RAY DIFFRACTION98
4.4725-4.65130.29411480.26541801X-RAY DIFFRACTION98
4.6513-4.86270.30791240.2721844X-RAY DIFFRACTION97
4.8627-5.11860.30371370.26351820X-RAY DIFFRACTION98
5.1186-5.43850.3551460.27111825X-RAY DIFFRACTION98
5.4385-5.85720.31281640.29551807X-RAY DIFFRACTION98
5.8572-6.44440.34961310.28481868X-RAY DIFFRACTION98
6.4444-7.37190.28131610.27511837X-RAY DIFFRACTION98
7.3719-9.26850.281380.22641919X-RAY DIFFRACTION98
9.2685-39.89950.2311630.20331977X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60190.38030.07561.1032-0.36480.96430.0902-0.2826-0.50070.58410.09550.4364-0.2260.0380.00130.4495-0.08310.0390.5187-0.00580.3287-0.657446.1550.6854
21.63160.52270.2050.5278-0.03910.82520.03450.0347-0.0105-0.0113-0.07030.05660.08850.1566-0.01470.28850.0351-0.06250.35470.09150.16288.358638.526532.7301
31.73130.0391-0.0381.07130.51321.4280.0931-0.1748-0.24040.42330.0106-0.16770.03960.1016-0.00150.2651-0.047-0.05290.16920.02490.22811.982133.584527.0275
41.21470.16370.46090.85510.58150.7633-0.0963-0.0882-0.04670.24770.0654-0.2016-0.0340.4122-0.01490.3055-0.12860.00090.2964-0.01360.227611.689243.892239.5403
51.4212-0.0713-0.27280.8902-0.08841.3593-0.1540.27150.72920.98020.06870.6409-0.8216-0.93330.06540.074-0.0883-0.07350.3086-0.05070.435-10.502540.565223.6776
61.57140.490.78941.4532-0.00011.13290.25430.01220.31190.2865-0.29590.89580.1218-0.2931-0.01210.2354-0.0320.13670.2973-0.04010.4097-9.458556.32952.2584
72.01841.3328-2.17121.63020.83391.2186-0.07520.330.365-0.09970.24770.2021-0.2234-0.38970.00330.2905-0.08770.04150.20930.05720.2881.69257.3736-1.6233
80.21450.0964-0.69121.4774-0.12411.220.13730.61540.5654-0.07220.15250.0536-0.2627-0.4236-0.01050.84210.0679-0.0911.09940.20580.68364.269853.1827-57.3725
91.0037-0.71670.18370.9002-0.1782.2296-0.33050.41020.0266-0.3430.17680.0642-0.2112-0.0163-0.00191.01840.00990.02681.2340.19750.61138.077146.6061-62.6847
101.3764-0.4790.31.75490.10952.73670.01140.24490.0863-0.2274-0.11320.3233-0.0036-0.1645-0.00870.1654-0.0369-0.03250.17940.02050.34368.655637.5357-18.865
111.64610.4279-0.20130.53390.49141.57290.9937-0.0963-1.2138-0.5807-0.1670.03360.5284-0.7014-0.01230.3911-0.05020.00830.3148-0.05460.3674-1.830229.3267-22.7409
120.4431-0.35030.21820.7979-0.05450.30080.70550.6809-1.3614-0.46630.77410.5220.37420.08810.07760.52290.04090.0527-0.4222-1.55880.0245-0.476122.3616-30.5812
130.73310.02760.28910.9225-0.27911.32990.40160.06270.7072-0.5648-0.14231.3923-0.1842-0.42570.00390.44240.1698-0.1740.50850.242-0.1196-29.981818.9727-205.0399
141.381-0.1232-0.81881.31760.99841.96960.10130.10460.2056-0.17340.0416-0.0769-0.06760.2837-0.01620.25010.0331-0.03440.23140.11910.1813-22.16427.048-187.4133
151.0978-0.1616-0.12610.75770.25420.3486-0.788-0.4247-0.2730.030.4695-0.3222-0.71510.01440.0024-0.12-0.06650.12820.27260.06790.4718-27.151123.4221-182.937
160.2215-0.80210.48571.552-0.96890.7780.3936-0.0879-0.4628-1.9306-0.40430.64292.0684-0.6303-0.1964-0.4885-0.1712-0.34640.557-0.08660.3902-37.30668.998-164.0191
173.0832-1.50150.5352.63570.8961.4267-0.0144-0.1403-0.28120.2225-0.0060.3862-0.0623-0.4277-0.01130.15530.0531-0.04560.2260.02120.2737-32.61410.1338-153.3198
180.04020.17360.27390.3991-0.20890.24390.3659-0.859-1.1014-0.0435-0.2257-0.18150.1996-0.09980.01781.1264-0.4228-0.28661.27410.59491.5193-31.16679.1768-102.8126
190.96410.4358-0.01110.25370.13851.33650.422-1.0314-0.24570.6021-0.5995-0.27520.2371-0.2119-0.01711.5491-0.5169-0.33041.62760.39210.8804-21.063121.2047-88.9297
201.73360.9293-0.07522.1087-0.40291.63660.0741-0.5136-0.03490.3535-0.16940.08740.1885-0.30470.01270.35770.03530.04610.273-0.07850.3987-22.595729.5507-127.4036
210.73661.4732-0.89951.75950.46022.2360.03420.38190.04340.10440.06650.1168-0.0696-0.06020.00010.2715-0.0453-0.01530.11980.01010.2924-17.00325.1326-148.0196
221.2078-0.81750.15460.93090.42741.6373-0.02860.08250.60250.13410.2874-0.3999-0.7434-0.56950.01320.44380.00350.09620.2897-0.07710.4822-30.910436.1114-131.682
231.29010.1701-0.0190.67150.130.13490.2458-0.63620.76840.4071-0.10530.7366-0.04660.1280.00910.47150.1560.35340.7936-0.55480.9532-29.699143.2464-123.5693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 155 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 247 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 248 through 335 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 336 through 369 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 370 through 1277 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1278 through 1383 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 155 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 156 through 354 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 355 through 1352 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1353 through 1382 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'Q' and (resid 1814 through 1831 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 74 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 75 through 316 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 317 through 353 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 354 through 1210 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 1211 through 1382 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 3 through 98 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 99 through 354 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 355 through 1277 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 1278 through 1352 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1353 through 1382 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'P' and (resid 1814 through 1831 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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