+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xai | |||||||||
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Title | Crystal Structure of red flour beetle NR2E1/TLX | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / helical sandwich / TRANSPORT PROTEIN-TRANSCRIPTION complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information inter-male aggressive behavior / polytene chromosome interband / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / segmentation / larval somatic muscle development / segment specification / eye development / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / embryonic pattern specification ...inter-male aggressive behavior / polytene chromosome interband / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / segmentation / larval somatic muscle development / segment specification / eye development / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / embryonic pattern specification / histone deacetylase activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / negative regulation of smoothened signaling pathway / nuclear receptor binding / transcription corepressor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli O157:H7 (bacteria) Tribolium castaneum (red flour beetle) Drosophila melanogaster (fruit fly) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Zhi, X. / Zhou, E. / Xu, E. | |||||||||
Citation | Journal: Genes Dev. / Year: 2015 Title: Structural basis for corepressor assembly by the orphan nuclear receptor TLX. Authors: Zhi, X. / Zhou, X.E. / He, Y. / Searose-Xu, K. / Zhang, C.L. / Tsai, C.C. / Melcher, K. / Xu, H.E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xai.cif.gz | 475.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xai.ent.gz | 393.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xai.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xai_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xai_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 4xai_validation.xml.gz | 41.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4xai_validation.cif.gz | 57.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xai | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xajC 4logS 4my2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 63653.492 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: maltose binding protein fused ligand binding domain,maltose binding protein fused ligand binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157:H7 (bacteria), (gene. exp.) Tribolium castaneum (red flour beetle) Gene: malE, Z5632, ECs5017 / Plasmid: pETduet1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q9NCL0 #2: Protein/peptide | Mass: 2395.648 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Atro box motif / Source method: obtained synthetically / Details: maltose / Source: (synth.) Drosophila melanogaster (fruit fly) References: UniProt: M9PHT1, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides #3: Polysaccharide | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 / Details: PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.0782 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2013 |
Radiation | Monochromator: Ni filter / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0782 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.58→40 Å / Num. obs: 81089 / % possible obs: 92.8 % / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.73 Å / Redundancy: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 11020 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 85.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ID's 4MY2 and 4LOG Resolution: 2.6→35.27 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / Phase error: 28.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→35.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.73 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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