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- PDB-4xac: Crystal Structure of EvdO2 from Micromonospora carbonacea var. au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xac
タイトルCrystal Structure of EvdO2 from Micromonospora carbonacea var. aurantiaca complexed with 2-oxoglutarate
要素EvdO2
キーワードOXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / IMIDAZOLE / NICKEL (II) ION / EvdO2
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora carbonacea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily.
著者: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
履歴
登録2014年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.version
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EvdO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8854
ポリマ－28,6111
非ポリマー2743
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.524, 65.372, 84.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EvdO2


分子量: 28611.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora carbonacea (バクテリア)
Variant: var. aurantiaca / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3KL01*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 38% PEG 8000, 100 mM imidazole, 250 mM NaCl. Crystals soaked 30 min in 20 mM 2-oxoglutarate solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 19714 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XAB

4xab


解像度: 1.87→37.99 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 1440 7.32 %
Rwork0.168 --
obs0.171 19681 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 16 128 2077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.112877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.172800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.863-1.92950.22781350.1891726X-RAY DIFFRACTION93
1.9295-2.00680.21521450.1741823X-RAY DIFFRACTION99
2.0068-2.09810.22311440.17281842X-RAY DIFFRACTION99
2.0981-2.20870.21551410.16971824X-RAY DIFFRACTION99
2.2087-2.34710.22521490.16791845X-RAY DIFFRACTION98
2.3471-2.52830.2291420.17461830X-RAY DIFFRACTION98
2.5283-2.78260.23511430.18361839X-RAY DIFFRACTION98
2.7826-3.18510.2251470.17931827X-RAY DIFFRACTION97
3.1851-4.01220.21241430.15611838X-RAY DIFFRACTION95
4.0122-37.99920.17471510.16091847X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.35420.16670.37583.1832-1.19973.32830.11290.2924-0.08340.00210.07090.19320.182-0.188-0.14810.16320.036-0.00530.1782-0.00130.186219.359134.191546.1854
23.26531.1205-1.80414.2823-2.91622.69520.2153-0.416-0.12290.187-0.5255-0.21810.12190.59880.09340.31980.0318-0.0150.28790.05220.347529.729319.80262.959
31.26370.04110.56851.23590.3890.4818-0.00990.1367-0.1302-0.061-0.0445-0.0056-0.03420.09810.06070.21330.05230.00360.24360.02350.192132.947933.376148.9885
42.50250.2166-0.09331.21830.01211.77060.048-0.2641-0.03270.1893-0.1057-0.0671-0.00040.18290.03720.1953-0.00010.00730.15640.04720.159832.64538.496656.9101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 4:44)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 45:87)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 88:142)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 143:251)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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