[日本語] English
万見
- PDB-4x8j: Crystal Structure of murine 12F4 Fab monoclonal antibody against ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x8j
タイトルCrystal Structure of murine 12F4 Fab monoclonal antibody against ADAMTS5
要素
  • 12F4 FAB Heavy chain
  • 12F4 FAB Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Larkin, J. / Lohr, T.A. / Elefante, L. / Shearin, J. / Matico, R. / Su, J.-L. / Xue, Y. / Liu, F. / Genell, C. / Miller, R.E. ...Larkin, J. / Lohr, T.A. / Elefante, L. / Shearin, J. / Matico, R. / Su, J.-L. / Xue, Y. / Liu, F. / Genell, C. / Miller, R.E. / Tran, P.B. / Malfait, A.-M. / Maier, C.C. / Matheny, C.J.
引用ジャーナル: Osteoarthr. Cartil. / 年: 2015
タイトル: Translational development of an ADAMTS-5 antibody for osteoarthritis disease modification.
著者: Larkin, J. / Lohr, T.A. / Elefante, L. / Shearin, J. / Matico, R. / Su, J.L. / Xue, Y. / Liu, F. / Genell, C. / Miller, R.E. / Tran, P.B. / Malfait, A.M. / Maier, C.C. / Matheny, C.J.
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Data collection

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 12F4 FAB Light chain
H: 12F4 FAB Heavy chain
B: 12F4 FAB Light chain
A: 12F4 FAB Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5438
ポリマ－94,5834
非ポリマー9604
水5,747319
1
L: 12F4 FAB Light chain
H: 12F4 FAB Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2516
ポリマ－47,2922
非ポリマー9604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
2
B: 12F4 FAB Light chain
A: 12F4 FAB Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2922
ポリマ－47,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.080, 149.080, 116.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-325-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21B
12H
22A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010L1 - 214
2010B1 - 214
1020H1 - 214
2020A1 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 12F4 FAB Light chain


分子量: 23771.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 12F4 FAB Heavy chain


分子量: 23520.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Zinc acetate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 55390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.04 / Net I/av σ(I): 27.773 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 762232
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2
2.35-2.4313.90.58254600.955
2.43-2.5313.90.45954421.005
2.53-2.6513.90.35654571.043
2.65-2.7913.90.26254841.081
2.79-2.9613.90.18354681.06
2.96-3.1913.90.12255051.057
3.19-3.5113.80.0955331.045
3.51-4.0213.80.08355561.052
4.02-5.0613.60.05456111.076
5.06-30130.04258741.021

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2407 / WRfactor Rwork: 0.2206 / FOM work R set: 0.8181 / SU B: 12.495 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.2625 / SU Rfree: 0.1987 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 2677 4.8 %RANDOM
Rwork0.2168 52650 --
obs0.2176 52650 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.79 Å2 / Biso mean: 48.587 Å2 / Biso min: 19.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-0 Å2
2--0.25 Å2-0 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6269 0 58 319 6646
Biso mean--48.51 40.38 -
残基数----830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.026516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9451.9428870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.735313557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3225830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17324.387253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70915986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.161524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6892.9133320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6892.9133319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2664.3654141
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11L111410.1
12B111410.1
21H97910.09
22A97910.09
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.408 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 194 -
Rwork0.281 3745 -
all-3939 -
obs--97.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52180.62680.32651.44820.90820.6082-0.1520.0379-0.0117-0.24560.15710.0027-0.08150.0612-0.00510.3061-0.0927-0.01780.15590.03230.0076-30.24350.6081.911
20.73720.64151.13590.71211.4173.0474-0.01420.1594-0.13220.03040.1447-0.08520.23920.1685-0.13050.3013-0.0696-0.03550.1523-0.03410.0461-18.79537.8256.172
30.843-0.0429-0.40070.8222-0.85933.11990.1470.22070.1683-0.0450.15180.0885-0.3647-0.2999-0.29880.17990.01350.05120.13650.05620.0533-54.60823.293-8.387
40.8749-0.1714-1.04180.1075-0.2384.0930.44330.33160.3319-0.026-0.0446-0.0681-0.7771-0.573-0.39860.34530.17930.15610.23080.13980.1293-64.94233.6792.065
516.14483.177-15.91584.7567-11.576832.9548-0.5102-0.0507-0.5324-0.10640.0149-0.09620.5047-0.01210.49540.15950.1320.08190.12940.05720.2641-8.77558.25732.517
631.0551-4.19711.108435.922814.780418.83620.2476-0.12570.74580.2018-0.48980.3422-0.1218-0.01610.24220.1665-0.01450.05160.1865-0.05160.1414-16.09165.6731.881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4A1 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION6E1 - 6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る