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- PDB-4x6s: Grb7 SH2 domain with phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6s
タイトルGrb7 SH2 domain with phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide
要素
  • Growth factor receptor-bound protein 7
  • Phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide G7-TEM1
キーワードSignaling Protein/Inhibitor / src Homology Domain / inhibitor / phosphotyrosine binding pocket / Signaling Protein-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Watson, G.M. / Panjikar, S. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Cyclic Peptides Incorporating Phosphotyrosine Mimetics as Potent and Specific Inhibitors of the Grb7 Breast Cancer Target.
著者: Watson, G.M. / Gunzburg, M.J. / Ambaye, N.D. / Lucas, W.A. / Traore, D.A. / Kulkarni, K. / Cergol, K.M. / Payne, R.J. / Panjikar, S. / Pero, S.C. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
L: Phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide G7-TEM1
M: Phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide G7-TEM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0804
ポリマ－28,0804
非ポリマー00
水52229
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
L: Phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide G7-TEM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0402
ポリマ－14,0402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
2
B: Growth factor receptor-bound protein 7
M: Phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide G7-TEM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0402
ポリマ－14,0402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.480, 68.895, 77.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 12562.474 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain containing residues 423-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド Phosphotyrosine mimetic inhibitor peptide G7-TEM1


分子量: 1477.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05 M HEPES pH 7.0, 1% tryptone, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→43.2175 Å / Num. obs: 10038 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 8.9 % / Net I/σ(I): 11.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.55→43.211 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 479 4.79 %
Rwork0.2023 --
obs0.2048 9992 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→43.211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1860 0 0 29 1889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1882569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.352661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5502-2.91920.29141630.24613117X-RAY DIFFRACTION100
2.9192-3.67750.29771650.22953136X-RAY DIFFRACTION99
3.6775-43.21750.2071510.17483260X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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