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- PDB-4x5x: HLA-DR1 mutant bN82A with covalently linked CLIP106-120(M107W) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x5x
タイトルHLA-DR1 mutant bN82A with covalently linked CLIP106-120(M107W)
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC II / SELF ANTIGEN / INVARIANT CHAIN / CLIP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / epidermis development / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.199 Å
データ登録者Guenther, S. / Freund, C.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationFR-1325/11-1 ドイツ
German Research FoundationSFB 765 ドイツ
German Research Foundation854 ドイツ
German Research Foundation958 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: MHC class II complexes sample intermediate states along the peptide exchange pathway.
著者: Wieczorek, M. / Sticht, J. / Stolzenberg, S. / Gunther, S. / Wehmeyer, C. / El Habre, Z. / Alvaro-Benito, M. / Noe, F. / Freund, C.
履歴
登録2014年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2304
ポリマ－96,2304
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1152
ポリマ－48,1152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1152
ポリマ－48,1152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.821, 86.467, 94.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPHEPHEchain AAA2 - 1803 - 181
21GLUGLUPHEPHEchain CCC4 - 1805 - 181
12METMETTRPTRPchain BBB-30 - 1881 - 219
22METMETTRPTRPchain DDD-30 - 1881 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D)

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 22353.223 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular, UNP residues 26-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class II antigen DRB1*1 / DR1


分子量: 25761.893 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular, UNP residues 30-227 / Mutation: N82A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / プラスミド: pET24D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Sodium nitrate, 20% w/v PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.199→34.25 Å / Num. obs: 14844 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 39.17 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 45860
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2% possible all
3.2-3.423.10.4732.5826326670.81799.4
9.05-34.2530.0712.219476600.99594.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å34.19 Å
Translation3.2 Å34.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dlh

1dlh


解像度: 3.199→34.247 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2624 765 5.16 %
Rwork0.2201 14052 -
obs0.2223 14817 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.16 Å2 / Biso mean: 44.0737 Å2 / Biso min: 10.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.199→34.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6130 0 0 0 6130
残基数----752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6938563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4532297
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1670X-RAY DIFFRACTION7.218TORSIONAL
12C1670X-RAY DIFFRACTION7.218TORSIONAL
21B1801X-RAY DIFFRACTION7.218TORSIONAL
22D1801X-RAY DIFFRACTION7.218TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1988-3.44550.30621630.27362794295799
3.4455-3.79190.30661310.23922809294099
3.7919-4.33960.25721690.21112806297599
4.3396-5.46390.22091720.18792784295699
5.4639-34.24920.25391300.21192859298998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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