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- PDB-4x5v: Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x5v
タイトルCrystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating A and incorporated 8-oxo-dGMP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(8OG))-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase lambda
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA POLYMERASE LAMBDA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HELIX-HAIRPIN-HELIX / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Burak, M.J. / Guja, K.E. / Garcia-Diaz, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Nucleotide binding interactions modulate dNTP selectivity and facilitate 8-oxo-dGTP incorporation by DNA polymerase lambda.
著者: Burak, M.J. / Guja, K.E. / Garcia-Diaz, M.
履歴
登録2014年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(8OG))-3')
T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3927
ポリマ－43,1534
非ポリマー2393
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.010, 62.842, 141.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa


分子量: 36448.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

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DNA鎖 , 3種, 3分子 DPT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DOWNSTREAM PRIMER DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*CP*(8OG))-3')


分子量: 2138.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PRIMER DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TEMPLATE DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 183分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6 and 1 M ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.985 Å / Num. obs: 27980 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.157 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化解像度: 2.15→46.985 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2000 7.17 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2166 27911 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 449 15 180 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9584061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6911093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20380.3421370.2911780X-RAY DIFFRACTION99
2.2038-2.26340.29411410.26781824X-RAY DIFFRACTION100
2.2634-2.330.2861420.25291853X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.40520.28041400.24661804X-RAY DIFFRACTION100
2.4052-2.49110.29141410.24011818X-RAY DIFFRACTION100
2.4911-2.59090.2761410.24581829X-RAY DIFFRACTION100
2.5909-2.70880.27311410.24441837X-RAY DIFFRACTION100
2.7088-2.85160.25211430.23361846X-RAY DIFFRACTION100
2.8516-3.03020.26851400.22661826X-RAY DIFFRACTION100
3.0302-3.26410.24671440.21661863X-RAY DIFFRACTION100
3.2641-3.59250.2311430.19751847X-RAY DIFFRACTION100
3.5925-4.1120.20981440.1861878X-RAY DIFFRACTION100
4.112-5.17970.19261470.18431906X-RAY DIFFRACTION100
5.1797-46.99640.26421560.21082000X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49-0.13180.24890.50360.05370.4852-0.18980.59330.2532-0.81070.2724-0.6675-0.52560.71810.00020.8128-0.15820.08920.71750.06690.5634-8.60630.1286-23.3195
23.21660.04241.29451.238-0.04621.73220.0662-0.0839-0.33130.06610.196-0.08220.0954-0.01970.01480.2205-0.02260.00510.19410.01120.2571-11.072111.2958-4.9429
30.5811-0.4008-0.81490.8346-0.11621.51040.2944-0.201-1.27230.01120.10710.21250.4347-0.45940.00550.3794-0.0443-0.07560.31480.07420.7413-15.5225-4.1349-4.9723
40.74050.629-0.05080.84380.13850.76010.12690.2304-0.3115-0.27610.23970.27610.0224-0.2215-00.4175-0.0144-0.0690.401-0.05940.4421-22.06095.3645-23.9032
50.12170.12890.11780.4122-0.43730.76310.11620.35860.2152-0.33020.02580.25870.05410.0727-00.5379-0.0255-0.05850.5527-0.20830.4592-18.70082.7396-31.4053
60.11060.013-0.10450.16730.13420.35350.69120.27820.0688-0.37090.25340.0449-0.48750.10231.00640.67990.2762-0.42050.77660.3007-0.8103-19.47828.2017-30.0528
70.05060.073-0.03570.1841-0.12910.1637-0.25530.22840.1693-0.25540.2225-0.20060.1397-0.1353-00.2263-0.030.04390.32030.0040.2045-25.433914.9661-8.5
80.3882-0.1779-0.05650.02990.2150.33190.11620.32110.1083-0.44070.27240.66670.4311-0.75150.00080.45850.0066-0.06450.48340.04650.3074-27.177915.0678-17.3862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 251 through 326 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 327 through 427 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 428 through 486 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 487 through 543 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 544 through 575 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 1 through 4 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 1 through 6 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'T' and (resid 1 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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