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- PDB-4x4u: Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x4u
タイトルCrystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a human MenBeta minihelix ending in CCACC
要素
  • CCA-adding enzyme
  • RNA (5'-D(*GP*G)-3')
  • human MenBeta minihelix
キーワードRNA BINDING PROTEIN / protein-RNA complex / tRNA / non-coding RNA / CCA-adding enzyme / nucleotidyltransferase / ncRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / tRNA surveillance / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA (> 10) / CCA-adding enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kuhn, C.-D. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: On-Enzyme Refolding Permits Small RNA and tRNA Surveillance by the CCA-Adding Enzyme.
著者: Kuhn, C.D. / Wilusz, J.E. / Zheng, Y. / Beal, P.A. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2014年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCA-adding enzyme
B: human MenBeta minihelix
C: CCA-adding enzyme
D: human MenBeta minihelix
E: CCA-adding enzyme
F: CCA-adding enzyme
G: human MenBeta minihelix
H: RNA (5'-D(*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,67717
ポリマ－250,9948
非ポリマー1,6839
水1,78399
1
A: CCA-adding enzyme
B: human MenBeta minihelix
H: RNA (5'-D(*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0788
ポリマ－66,2043
非ポリマー8745
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CCA-adding enzyme
D: human MenBeta minihelix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6653
ポリマ－65,5592
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: CCA-adding enzyme
F: CCA-adding enzyme
G: human MenBeta minihelix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9346
ポリマ－119,2313
非ポリマー7033
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.988, 84.049, 135.524
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質
CCA-adding enzyme / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- ...CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- transferase / tRNA nucleotidyltransferase / tRNA-NT


分子量: 53672.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: cca, AF_2156 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: O28126, CCA tRNA nucleotidyltransferase

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 BDGH

#2: RNA鎖 human MenBeta minihelix


分子量: 11886.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-D(*GP*G)-3')


分子量: 645.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 108分子

#4: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18.9% PEG3350, 0.27M NaK tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 68272 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 65.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.091 / Net I/av σ(I): 15.12 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 191792
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.752.50.36731890.58692.8
2.75-2.82.80.34334180.698.4
2.8-2.852.90.31234180.60698.4
2.85-2.912.90.27234520.65198.1
2.91-2.972.80.2233690.70897.9
2.97-3.042.70.1834100.75898.3
3.04-3.122.90.15934530.81398.6
3.12-3.22.80.13334170.84898.5
3.2-3.292.80.11834040.99498.3
3.29-3.42.80.10634571.18298
3.4-3.522.90.09633851.31797.8
3.52-3.662.90.08734151.3997.7
3.66-3.832.70.08234071.45997.7
3.83-4.032.90.07634261.51898.1
4.03-4.282.80.07134151.41898
4.28-4.612.90.0734411.44397.5
4.61-5.072.80.06734101.4797.4
5.07-5.82.90.06534581.35598.3
5.8-7.32.80.06234491.27697
7.3-302.80.05234791.26895.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→29.793 Å / FOM work R set: 0.8293 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 3410 5.02 %
Rwork0.1827 64464 -
obs0.1853 67874 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 534.48 Å2 / Biso mean: 84.59 Å2 / Biso min: 29.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14497 1644 262 99 16502
Biso mean--118.12 57.19 -
残基数----1820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80522914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2886677
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.73860.29881410.24082671281298
2.7386-2.77940.29831430.22992672281598
2.7794-2.82280.29111370.23852684282198
2.8228-2.8690.31721450.23872696284199
2.869-2.91850.29991390.23532654279398
2.9185-2.97150.28691380.23182670280898
2.9715-3.02860.2591420.23282704284698
3.0286-3.09040.31241490.22212671282098
3.0904-3.15750.28621340.21432689282399
3.1575-3.23080.27391490.20862720286998
3.2308-3.31150.23641350.2092659279498
3.3115-3.4010.25831440.20422713285798
3.401-3.50090.28141440.20442642278698
3.5009-3.61370.2561370.19122670280798
3.6137-3.74260.23281430.18582678282198
3.7426-3.89220.20471420.1672684282698
3.8922-4.06890.21791450.17012702284798
4.0689-4.28280.22141410.15952677281898
4.2828-4.55030.20581400.15182696283698
4.5503-4.90020.20621480.14012674282297
4.9002-5.39070.19851450.15412708285398
5.3907-6.16470.22211440.17662721286598
6.1647-7.74420.21221410.1862687282897
7.7442-29.79490.21791440.18032722286695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53340.25620.92360.61160.1030.70910.26820.6226-0.2328-0.195-0.0052-0.17470.19350.197700.81020.26460.05230.8808-0.03140.6717182.36955.3394129.1417
21.7912-0.28270.10010.26260.02342.58550.29080.41750.1218-0.1977-0.0493-0.06510.1344-0.04020.02180.38310.10910.05890.49210.15790.3765179.378121.4726145.5107
30.6998-0.4809-0.29150.2616-0.14661.70820.06580.0761-0.0263-0.0576-0.01160.05320.55680.22390.00420.48350.0671-0.11660.1887-0.07750.4571185.22792.7895174.773
40.29230.0081-0.88590.4749-1.30872.69020.4590.31360.3620.67140.68930.22430.7292-1.5921.8491.6039-0.17260.03941.27230.00431.0095167.5396-5.4305168.8814
50.00760.02490.0278-0.01490.04760.00480.4210.44080.0771-1.38380.4591-0.42680.70320.95160.00061.6618-0.2144-0.12651.82670.02471.3935173.53862.4913144.6501
6-0.1214-0.6324-0.22850.68470.49410.4366-0.26780.36080.02-0.27660.2009-0.2668-1.06920.5919-0.00911.067-0.5460.09861.2705-0.05240.7266250.1078-0.4431130.8981
72.1704-0.08010.43772.96330.56842.5769-0.37450.1901-0.3283-0.47040.35770.0532-0.53780.2153-0.20320.6621-0.233-0.02460.536-0.10190.093230.6451-3.1511141.4267
81.25110.66670.18680.50110.35361.44-0.21010.0794-0.0716-0.13590.1952-0.067-0.49630.39140.02630.3748-0.07470.00390.4043-0.04780.261239.765813.1609173.0774
90.0665-0.0320.08040.0387-0.01970.17210.69150.12110.4308-0.02441.254-1.07910.78661.53480.00293.0005-0.2490.66741.59380.06791.6509249.5016-3.8961158.8063
10-0.18020.0492-0.11580.1476-0.16980.12440.1774-0.98790.5340.43710.90540.06440.1586-0.1357-0.00042.1840.13930.42761.9960.09441.0449251.3746-4.8591181.7042
112.4367-0.3106-1.0940.04110.28211.2644-0.7542-1.6755-1.1187-1.46851.05760.43191.82390.2217-0.02771.95360.02030.27781.27850.11861.2222249.9296-5.0187164.4793
120.09050.8114-1.15921.5594-1.57631.0352-0.25680.3354-0.0215-0.14760.22160.1723-0.01410.0767-0.03140.3605-0.00490.01830.5336-0.09720.5695213.672-21.3489167.5288
131.45251.2517-1.03140.7512-0.65531.4853-0.0535-0.0257-0.11690.0826-0.0341-0.08760.02010.2313-0.00010.28710.08730.00450.3313-0.05550.4647214.5231-34.0163184.9315
140.2135-0.01120.2534-0.1226-0.0690.75310.1082-0.3351-0.3082-0.130.168-0.27930.4889-0.34480.01310.58960.0198-0.06580.3323-0.00750.6406199.6828-42.465184.4011
150.7194-0.2125-0.43440.29540.20761.6520.1264-0.00290.0936-0.1113-0.01730.033-0.0181-0.16110.00020.3881-0.014-0.0320.17230.00980.453184.0828-21.0462203.1731
162.311.2972-0.81790.866-0.6371.05490.0105-0.0270.35330.0513-0.07480.37-0.09350.2727-0.01720.3631-0.02390.04170.437-0.05830.5287208.4207-6.1677228.1615
171.41060.6843-0.77531.4911-0.93531.30260.0562-0.0425-0.02470.0135-0.15880.16470.16630.1479-0.00040.27020.02760.04420.52070.03780.2731225.2892-11.3775216.8708
180.321-0.7097-0.31842.0080.40680.34110.3879-0.00210.5128-0.1535-0.46030.1063-0.48660.3022-0.04410.3837-0.10530.0290.69910.02670.5084233.9285.3488213.1576
190.4231-0.1994-0.56340.4165-0.10172.31290.008-0.0316-0.0578-0.05070.04510.1905-0.3025-0.3076-0.00350.28040.0772-0.0180.4483-0.03430.448217.809212.1405185.9361
200.3710.18060.50870.31360.10260.20830.4217-0.4120.8334-0.14370.56540.59160.41950.05290.03350.9766-0.05180.10131.00820.02560.8279206.6789-10.8493199.9622
210.03440.07290.21130.15360.16860.06210.0428-0.00850.43390.06081.16810.790.34360.5637-0.00051.0081-0.00660.07481.0785-0.00770.9857209.6654-10.0198195.4255
220.0043-0.0123-0.00830.0133-0.01620.0089-0.15640.02370.0159-0.34220.38640.53590.134-0.184-0.00041.92450.6164-0.00511.75550.21581.3101160.90970.8464183.643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 144 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 145 through 263 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 264 through 437 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 24 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 31 through 37 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 129 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 130 through 263 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 264 through 437 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 6 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 7 through 16 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 20 through 34 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 1 through 144 )E0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 145 through 231 )E0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 232 through 263 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 264 through 437 )E0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 2 through 126 )F0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 127 through 231 )F0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 232 through 263 )F0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 264 through 437 )F0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 1 through 23 )G0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 24 through 31 )G0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 1 through 2 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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