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- PDB-4x4s: Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x4s
タイトルCrystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCACC and CTP
要素
  • CCA-adding enzyme
  • G70A tRNA minihelix ending in CCACC
キーワードRNA BINDING PROTEIN / protein-RNA complex / tRNA / non-coding RNA / CCA-adding enzyme / nucleotidyltransferase / ncRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / tRNA surveillance / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / D(-)-TARTARIC ACID / RNA / RNA (> 10) / CCA-adding enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Kuhn, C.-D. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: On-enzyme refolding permits small RNA and tRNA surveillance by the CCA-adding enzyme.
著者: Kuhn, C.D. / Wilusz, J.E. / Zheng, Y. / Beal, P.A. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2014年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32015年4月8日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCA-adding enzyme
B: G70A tRNA minihelix ending in CCACC
C: CCA-adding enzyme
D: G70A tRNA minihelix ending in CCACC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,72114
ポリマ－131,0814
非ポリマー1,64010
水00
1
A: CCA-adding enzyme
B: G70A tRNA minihelix ending in CCACC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5819
ポリマ－65,5412
非ポリマー1,0407
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27400 Å2
手法PISA
2
C: CCA-adding enzyme
D: G70A tRNA minihelix ending in CCACC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1405
ポリマ－65,5412
非ポリマー6003
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.343, 216.450, 58.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 3:257 or resseq 262:437 )
21chain C and (resseq 3:257 or resseq 262:437 )
12chain B and (resseq 1:17 or resseq 20:25 )
22chain D and (resseq 1:17 or resseq 20:25 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALLYSLYSchain A and (resseq 3:257 or resseq 262:437 )AA3 - 2573 - 257
121ILEILEASPASPchain A and (resseq 3:257 or resseq 262:437 )AA262 - 437262 - 437
211VALVALLYSLYSchain C and (resseq 3:257 or resseq 262:437 )CC3 - 2573 - 257
221ILEILEASPASPchain C and (resseq 3:257 or resseq 262:437 )CC262 - 437262 - 437
112GGAAchain B and (resseq 1:17 or resseq 20:25 )BB1 - 171 - 17
122CCCCchain B and (resseq 1:17 or resseq 20:25 )BB20 - 2520 - 25
212GGAAchain D and (resseq 1:17 or resseq 20:25 )DD1 - 171 - 17
222CCCCchain D and (resseq 1:17 or resseq 20:25 )DD20 - 2520 - 25

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 CCA-adding enzyme / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- ...CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- transferase / tRNA nucleotidyltransferase / tRNA-NT


分子量: 53672.484 Da / 分子数: 2 / 断片: A. fulgidus CCA-adding enzyme / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: cca, AF_2156 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: O28126, CCA tRNA nucleotidyltransferase
#2: RNA鎖 G70A tRNA minihelix ending in CCACC


分子量: 11868.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#3: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22.3% PEG3350, 0.25M NaK tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 23129 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 54.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.032 / Net I/av σ(I): 11.737 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 81126
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.25-3.313.40.39311031.00999
3.31-3.373.50.35111391.04399.9
3.37-3.433.60.311841.05199.9
3.43-3.53.50.25911301.08399.9
3.5-3.583.50.21911351.02199.7
3.58-3.663.40.18111761.08299.1
3.66-3.753.60.17411381.0499.8
3.75-3.853.60.14411531.02299.5
3.85-3.973.50.13611561.07899.1
3.97-4.093.40.11811491.05399.4
4.09-4.243.70.111690.96999.2
4.24-4.413.60.09511501.06799.3
4.41-4.613.40.0811411.06298.4
4.61-4.853.70.07411771.01998.6
4.85-5.163.50.07411450.98398.5
5.16-5.563.60.08111571.00397.9
5.56-6.113.50.0911640.95397.3
6.11-73.60.07911700.98396.5
7-8.813.50.05411631.01295.4
8.81-503.30.03812301.11793

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→48.669 Å / FOM work R set: 0.7949 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 1154 5.09 %
Rwork0.22 21513 -
obs0.2229 22667 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 246.15 Å2 / Biso mean: 53.38 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→48.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7298 1383 171 0 8852
Biso mean--79.54 --
残基数----945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68712547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9353685
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4105X-RAY DIFFRACTION6.714TORSIONAL
12C4105X-RAY DIFFRACTION6.714TORSIONAL
21B540X-RAY DIFFRACTION6.714TORSIONAL
22D540X-RAY DIFFRACTION6.714TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2501-3.3980.30271280.262226702798100
3.398-3.57710.37021470.257726712818100
3.5771-3.80120.35211340.247226832817100
3.8012-4.09450.29431400.23952673281399
4.0945-4.50630.27321430.21562715285899
4.5063-5.15770.24511420.19612670281298
5.1577-6.49580.27031730.21182691286497
6.4958-48.67460.20611470.18532740288794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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