PDB-4x2s: Crystal structure of 276S/M395R-GltPh in inward-facing conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x2s

タイトル

Crystal structure of 276S/M395R-GltPh in inward-facing conformation

要素

425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Amino Acid Secondary Transporters / Sodium Coupled Aspartate Transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.21 Å

データ登録者

Akyuz, N. / Boudker, O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Transport domain unlocking sets the uptake rate of an aspartate transporter.
著者: Akyuz, N. / Georgieva, E.R. / Zhou, Z. / Stolzenberg, S. / Cuendet, M.A. / Khelashvili, G. / Altman, R.B. / Terry, D.S. / Freed, J.H. / Weinstein, H. / Boudker, O. / Blanchard, S.C.

履歴

登録	2014年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x2s.cif.gz	477.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x2s.ent.gz	403.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x2s_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x2s_full_validation.pdf.gz	497.9 KB	表示
XML形式データ	4x2s_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	4x2s_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nwxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zah-d 1zal-d 312 3dfs-d 5ngk-d 5tk3-1 5f4x-d 4ayd-d 3dfn-d 7cgv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

B: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

C: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

ヘテロ分子

134 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.651, 121.651, 578.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	60 - 74
2	1	1	1	B	60 - 74
3	1	1	1	C	60 - 74
1	2	1	1	A	130 - 206
2	2	1	1	B	130 - 206
3	2	1	1	C	130 - 206
1	1	2	1	A	85 - 119
2	1	2	1	B	85 - 119
3	1	2	1	C	85 - 119
1	2	2	1	A	228 - 500
2	2	2	1	B	228 - 500
3	2	2	1	C	228 - 500
1	1	3	1	B	1 - 500
2	1	3	1	C	1 - 500

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.513566, -0.851047, -0.109405), (0.831332, -0.461943, -0.309023), (0.212454, -0.249656, 0.944741)	21.63562, -119.665939, -23.665079
3	given	(-0.501734, 0.844017, 0.189467), (-0.858701, -0.459544, -0.226831), (-0.104381, -0.276505, 0.955327)	115.207642, -41.713299, -10.67126
4	given	(1), (1), (1)
5	given	(-0.546904, -0.832925, -0.084452), (0.836633, -0.540053, -0.09159), (0.030679, -0.120746, 0.992209)	24.54216, -116.005447, -7.1753
6	given	(-0.465741, 0.859652, 0.209962), (-0.87897, -0.476869, 0.00271), (0.102455, -0.183288, 0.977706)	114.790619, -33.52956, -14.02355
7	given	(1), (1), (1)
8	given	(-0.477709, -0.874645, -0.082399), (0.850022, -0.436481, -0.294867), (0.221939, -0.210902, 0.951979)	19.46089, -118.883003, -22.02067

#1: タンパク質	425aa long hypothetical proton glutamate symport protein 分子量: 44565.766 Da / 分子数: 3 変異: R276S, M395R, D37H, K40H, K125H, K132H, K223H, K264H, E368H, C321A 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 50 mM sodium acetate, pH 5.6-6, 18-20 % PEG 400, 100-150 mM magnesium acetate PH範囲: 5.6-6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 15575 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 23

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NWX

2nwx

解像度: 4.21→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 171.825 / SU ML: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31363	824	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27795	-	-	-
obs	0.27964	15417	83.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 197.282 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.44 Å²	-1.72 Å²	0 Å²
2-	-	-3.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.21→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9064	0	33	0	9097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	9262
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.077	1.984	12640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.865	3	21612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	10306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.795	8.636	4930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.796	8.637	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.544	12.948	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.543	12.947	6153
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.481	8.996	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.481	9	4329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.134	13.335	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.324	85.23	7962
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.324	85.224	7963
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1374	22.08
1	2	B	1374	17.55
1	3	C	1374	21.68
2	1	A	3306	19.38
2	2	B	3306	13.84
2	3	C	3306	26.31
3	1	B	6206	17.11

LS精密化シェル

解像度: 4.21→4.314 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.46	9	-
R_work	0.365	234	-
obs	-	-	18.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4415	-1.0696	0.0136	5.8743	0.7613	1.7508	-0.8235	0.0588	-0.1712	1.2565	0.2493	-1.1419	0.3149	0.2911	0.5741	0.8751	0.1263	-0.2076	1.1801	0.2475	0.6353	71.774	-48.651	-24.826
2	1.7631	0.5633	0.3585	4.1326	0.0969	1.137	0.0096	0.3438	-0.6278	0.6728	0.1756	0.8843	0.3113	-0.2363	-0.1852	1.4899	-0.1891	0.9009	1.2902	0.1712	1.0392	34.296	-74.512	-23.742
3	5.0743	-0.4649	-1.2226	2.4061	-0.0143	2.6943	-0.8469	-0.1724	0.809	0.7011	0.3994	0.9388	-0.3295	-0.7202	0.4475	1.1523	0.2397	0.1857	1.2698	-0.0394	0.8203	30	-29.194	-19.689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	6 - 420
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 416
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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