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- PDB-4x2e: Clostridium difficile wild type Fic protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x2e
タイトルClostridium difficile wild type Fic protein
要素Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.104 Å
データ登録者Jorgensen, R. / Dedic, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research11-104831/FSS デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of wild type Clostridium difficile Fic_0569 at 3.1 Angstroms resolution
著者: Jorgensen, R. / Dedic, E. / Alsarraf, H. / Welner, D. / van Leeuwen, H.C. / Oestergaard, O.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
B: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
C: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
D: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4814
ポリマ－109,4814
非ポリマー00
水00
1
A: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein

B: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7402
ポリマ－54,7402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_445x-1/2,-y-1/2,-z1
2
B: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein

A: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7402
ポリマ－54,7402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_545x+1/2,-y-1/2,-z1
3
D: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein

C: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7402
ポリマ－54,7402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
4
C: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein

D: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7402
ポリマ－54,7402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.420, 157.370, 262.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1SERSERMETMETchain AAA4 - 2304 - 230
2SERSERLEULEUchain BBB4 - 2344 - 234
3SERSERTRPTRPchain CCC4 - 2324 - 232
4ASPASPVALVALchain DDD7 - 2277 - 227

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要素

#1: タンパク質
Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein


分子量: 27370.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア)
株: R20291 / 遺伝子: CDR20291_0569
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C9YJ22

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45.93 Å / Num. obs: 22213 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.02 % / Biso Wilson estimate: 51.86 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 9.71 / Num. measured all: 178303
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.1-3.28.410.8211.0691.716816200019991.1499.9
3.2-3.30.9060.722.4514320171917190.769100
3.3-3.50.9380.5173.6424604294329430.551100
3.5-40.9680.2996.5541639503450340.319100
4-50.9890.15312.5839715502950280.164100
5-60.9880.1314.5817688226222610.139100
6-80.9950.09317.8613704181118100.199.9
8-100.9960.06124.5148216746740.066100
100.9980.04926.0649967597450.05398.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å45.93 Å
Translation3.1 Å45.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X2C

4x2c


解像度: 3.104→19.945 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2858 1026 5.02 %Random Selection
Rwork0.2432 19428 --
obs0.2454 20454 92.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.78 Å2 / Biso mean: 56.8864 Å2 / Biso min: 18.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.104→19.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6561 0 0 0 6561
残基数----797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7339075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1232442
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3753X-RAY DIFFRACTION11.065TORSIONAL
12B3753X-RAY DIFFRACTION11.065TORSIONAL
13C3753X-RAY DIFFRACTION11.065TORSIONAL
14D3753X-RAY DIFFRACTION11.065TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.104-3.2670.3639810.35161467154850
3.267-3.47070.36171540.291829273081100
3.4707-3.73710.34171560.278529553111100
3.7371-4.11020.27541560.257829723128100
4.1102-4.69810.28871570.227829693126100
4.6981-5.89370.28041580.223830073165100
5.8937-19.94570.21881640.198131313295100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5583-1.33050.64344.0551-0.71961.71820.07960.02210.3306-0.0265-0.0804-0.1399-0.264-0.0877-0.03710.32680.0463-0.0195-0.0269-0.0410.4824-21.6747-18.1285-18.758
21.08610.30710.21612.73410.27292.5642-0.1127-0.08540.51920.0398-0.22480.3443-0.4504-0.1691-0.10110.3299-0.0399-0.1170.08470.02530.60114.3124-17.879810.2936
31.74341.2154-0.14523.1744-1.01791.10120.0912-0.3854-0.02150.5524-0.3452-0.5782-0.11230.1445-0.17890.5514-0.3608-0.15080.27420.08160.4976-34.1594-20.762135.0592
41.76951.10331.10271.9240.43731.22310.3243-0.58850.08190.8423-0.48570.5146-0.0673-0.3120.03870.8526-0.50680.19810.7752-0.07240.5108-5.8411-51.360144.834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 230 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 4 through 234 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 4 through 232 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 7 through 230 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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