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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4x2c | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Clostridium difficile Fic protein_0569 mutant S31A, E35A | ||||||
Components | Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Fic protein / a-helical / SE/AA mutant | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Peptoclostridium difficile (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Jorgensen, R. / Dedic, E. | ||||||
| Funding support | Denmark, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Structure of Clostridium difficile Fic_0569 S31A, E35A mutant at 1.8 Angstroms resolution Authors: Jorgensen, R. / Dedic, E. / Alsarraf, H. / Welner, D. / Leeuwen, H.C. / Oestergaard, O. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4x2c.cif.gz | 195.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4x2c.ent.gz | 158.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4x2c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4x2c_validation.pdf.gz | 465.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4x2c_full_validation.pdf.gz | 467 KB | Display | |
| Data in XML | 4x2c_validation.xml.gz | 19.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 4x2c_validation.cif.gz | 27.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x2c | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4x2dC ![]() 3cucS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27296.156 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S31A, E35A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Peptoclostridium difficile (bacteria) / Strain: R20291 / Gene: CDR20291_0569Production host: ![]() References: UniProt: C9YJ22 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-EPE / | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.91 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M MgCl2-6xH2O 25.0 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-2 / Wavelength: 1.03841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2014 Details: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Bent Si (111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.03841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.8→19.12 Å / Num. obs: 46011 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 19.04 / Num. measured all: 301559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3cuc Resolution: 1.8→19.1 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.19 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 153.91 Å2 / Biso mean: 37.758 Å2 / Biso min: 12.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→19.1 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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