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- PDB-4x1u: The structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis revisited -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x1u
タイトルThe structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis revisited
要素Putative peroxiredoxin MT2298
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxins
機能・相同性
機能・相同性情報


mycoredoxin-dependent peroxiredoxin / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / response to nitrosative stress / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase E / Alkyl hydroperoxide reductase E
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Pallo, A. / Messens, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G030512N ベルギー
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Revisiting sulfur H-bonds in proteins: The example of peroxiredoxin AhpE.
著者: van Bergen, L.A. / Alonso, M. / Pallo, A. / Nilsson, L. / De Proft, F. / Messens, J.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis, a 1-Cys peroxiredoxin.
著者: Li, S. / Peterson, N.A. / Kim, M.Y. / Kim, C.Y. / Hung, L.W. / Yu, M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Lott, J.S. / Baker, E.N.
履歴
登録2014年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative peroxiredoxin MT2298
B: Putative peroxiredoxin MT2298
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5487
ポリマ－35,0882
非ポリマー4605
水4,306239
1
A: Putative peroxiredoxin MT2298
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7283
ポリマ－17,5441
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative peroxiredoxin MT2298
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8204
ポリマ－17,5441
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.994, 147.994, 33.711
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -4 - 151 / Label seq-ID: 3 - 158

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Putative peroxiredoxin MT2298 / Thioredoxin reductase / Alkyl hydroxiperoxide reductase E (AhpE)


分子量: 17543.770 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-152 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT2298 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WIE2, UniProt: P9WIE3*PLUS, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.8M sodium malonate pH 5.0, 0.1M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00000, 0.97937, 0.97918, 0.95370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979371
30.979181
40.95371
反射解像度: 1.87→46.8 Å / Num. obs: 28807 / % possible obs: 99.59 % / Net I/σ(I): 1.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
SOLVE位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 1.87→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1832 / WRfactor Rwork: 0.1514 / FOM work R set: 0.8972 / SU B: 2.406 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1133 / SU Rfree: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1832 1828 6 %RANDOM
Rwork0.1514 28807 --
obs0.1533 30761 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.25 Å2 / Biso mean: 23.303 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å2-0 Å20 Å2
2---0.52 Å2-0 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2462 0 30 239 2731
Biso mean--44.5 33.45 -
残基数----316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0192560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9311.9493477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3235512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1875318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1523.548124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33615381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1991520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4942.061266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4952.0571265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5043.0651580
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9029 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 138 -
Rwork0.249 2041 -
all-2179 -
obs--98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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