PDB-4x07: Crystal structure of P domain from norovirus strain Saga4 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x07

タイトル

Crystal structure of P domain from norovirus strain Saga4 in complex with HBGA type A (triglycan)

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Viral capsid protein / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII-4/Saga4/2006/JP (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x07.cif.gz	365.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x07.ent.gz	303.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oosC 4oovC 4ooxSC 4op7C 4opoC 4opsC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x05C 4x06C 4x0cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sld-2 3skb-1 4x06-d 5iyr-d 5kon-d 4x05-2 3sld-3 4wzk-d 5lfe-d 3sld-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.960, 58.640, 114.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.490, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-785- HOH
2	1	A-1058- HOH
3	1	B-785- HOH
4	1	B-1044- HOH

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質

VP1

分子量: 33882.902 Da / 分子数: 2 / 断片: P DOMAIN, UNP residues 225-530 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII-4/Saga4/2006/JP (ウイルス)
プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5BTR7

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン

分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 3M Sodium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97246 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月28日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97246 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.28→48.01 Å / Num. obs: 157018 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.39 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 1.104 / Net I/σ(I): 7.42 / Num. measured all: 708898

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.28-1.32		3.6	0.928	0.419	1.96	34363	11825	10960	0.501	92.7
1.32-1.35			0.966	0.352	2.99	53474	11502	11479	0.397	99.8
1.35-1.39			0.976	0.285	3.48	50619	11232	11205	0.323	99.8
1.39-1.43			0.983	0.254	3.96	50699	10851	10824	0.286	99.8
1.43-1.48			0.983	0.228	4.55	47164	10506	10408	0.258	99.1
1.48-1.53			0.99	0.174	5.4	48573	10202	10178	0.196	99.8
1.53-1.59			0.993	0.146	6.13	45995	9860	9852	0.164	99.9
1.59-1.66			0.994	0.122	6.98	43452	9429	9410	0.137	99.8
1.66-1.73			0.995	0.108	7.74	42239	9153	9136	0.121	99.8
1.73-1.81			0.996	0.093	8.98	41826	8631	8611	0.105	99.8
1.81-1.91			0.995	0.088	9.73	37465	8308	8041	0.099	96.8
1.91-2.03			0.995	0.076	10.59	32095	7841	7510	0.086	95.8
2.03-2.17			0.997	0.071	11.2	32704	7332	7247	0.08	98.8
2.17-2.34			0.997	0.066	12.98	28095	6904	6222	0.073	90.1
2.34-2.56			0.997	0.062	12.2	30397	6304	6274	0.069	99.5
2.56-2.87			0.997	0.059	11.83	25904	5750	5701	0.067	99.1
2.87-3.31			0.998	0.058	12.8	22732	5062	4988	0.065	98.5
3.31-4.05			0.997	0.052	15.1	17450	4325	3845	0.058	88.9
4.05-5.73			0.998	0.043	12.77	14706	3348	3261	0.049	97.4
	5.73		0.997	0.049	13.06	8946	1886	1866	0.055	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.14 Å	48.01 Å
Translation	7.14 Å	48.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OOX

4oox

解像度: 1.46→43.183 Å / FOM work R set: 0.5293 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 45.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	5304	5 %
R_work	0.1653	100871	-
obs	0.1667	106175	97.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.34 Å² / B_iso mean: 17.47 Å² / B_iso min: 3.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.46→43.183 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4772	0	80	797	5649
B_iso mean	-	-	35.98	27.34	-
残基数	-	-	-	-	614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5080
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.204	6964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.04	1904

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.46-1.4766	0.252	176	0.2682	3343	3519	99
1.4766-1.494	0.2938	177	0.2464	3379	3556	99
1.494-1.5122	0.2751	181	0.2332	3432	3613	100
1.5122-1.5313	0.2085	180	0.2343	3417	3597	100
1.5313-1.5515	0.2689	180	0.2266	3430	3610	100
1.5515-1.5727	0.2356	179	0.2158	3390	3569	100
1.5727-1.5952	0.2501	181	0.2108	3429	3610	100
1.5952-1.619	0.2338	179	0.2135	3404	3583	100
1.619-1.6443	0.2346	179	0.2102	3404	3583	100
1.6443-1.6713	0.2365	182	0.2012	3449	3631	100
1.6713-1.7001	0.2263	178	0.1978	3391	3569	100
1.7001-1.731	0.2287	183	0.1898	3455	3638	100
1.731-1.7643	0.1976	178	0.1869	3393	3571	100
1.7643-1.8003	0.221	180	0.18	3410	3590	100
1.8003-1.8395	0.2184	182	0.1807	3457	3639	100
1.8395-1.8823	0.1962	178	0.1771	3385	3563	99
1.8823-1.9293	0.223	162	0.1968	3065	3227	89
1.9293-1.9815	0.1843	172	0.1594	3272	3444	95
1.9815-2.0398	0.2109	181	0.1583	3441	3622	99
2.0398-2.1056	0.1708	178	0.1507	3394	3572	98
2.1056-2.1809	0.1919	178	0.1518	3397	3575	99
2.1809-2.2682	0.206	155	0.1616	2984	3139	87
2.2682-2.3714	0.1708	170	0.1336	3233	3403	94
2.3714-2.4964	0.1726	181	0.1471	3439	3620	100
2.4964-2.6528	0.1861	180	0.1417	3420	3600	99
2.6528-2.8576	0.1644	181	0.1551	3435	3616	99
2.8576-3.1451	0.1723	181	0.1515	3422	3603	99
3.1451-3.6	0.1786	173	0.1443	3315	3488	95
3.6-4.5349	0.1459	164	0.1366	3118	3282	90
4.5349-43.2015	0.1997	175	0.1638	3368	3543	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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