PDB-4x05: Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x05

タイトル

Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hills 2004 in complex with HBGA type B (triglycan)

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Viral capsid protein / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Leuthold, M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x05.cif.gz	501.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x05.ent.gz	412 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x05_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x05_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4x05_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	4x05_validation.cif.gz	81.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oosC 4oovC 4ooxC 4op7C 4opoC 4opsC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x06C 4x07C 4x0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wze-d 5iyp-d 5lfe-d 5kon-d 5iyr-d 4x0c-d 3sld-2 4wzl-d 4x06-d 2obs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

C: Major capsid protein

D: Major capsid protein

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Major capsid protein

D: Major capsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	175.110, 89.540, 106.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 127.550, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 224 - 530 / Label seq-ID: 1 - 307

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質

Major capsid protein

分子量: 33786.648 Da / 分子数: 4 / 断片: P DOMAIN, UNP residues 225-530 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)
プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4I4P2

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Magnesium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98405 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月9日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98405 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.96→19.89 Å / Num. obs: 93147 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.91 Å² / R_merge F obs: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_rim(I) all: 0.175 / Χ²: 0.968 / Net I/σ(I): 8.89 / Num. measured all: 511006

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.96-2.01		4.7	0.495	1.139	1.29	30817	6909	6858	1.285	99.3
2.01-2.07			0.649	0.928	1.92	36752	6704	6666	1.023	99.4
2.07-2.13			0.72	0.779	2.35	36798	6567	6533	0.857	99.5
2.13-2.19			0.769	0.674	2.77	35030	6361	6316	0.744	99.3
2.19-2.26			0.843	0.539	3.4	32604	6181	6137	0.598	99.3
2.26-2.34			0.878	0.459	4.06	32903	5999	5955	0.507	99.3
2.34-2.43			0.895	0.4	4.71	31272	5767	5744	0.443	99.6
2.43-2.53			0.918	0.343	5.49	30626	5571	5540	0.38	99.4
2.53-2.64			0.931	0.288	6.7	29672	5289	5265	0.319	99.5
2.64-2.77			0.953	0.229	7.97	27627	5077	5057	0.255	99.6
2.77-2.92			0.967	0.192	9.6	27837	4865	4838	0.212	99.4
2.92-3.1			0.979	0.147	12.07	26189	4626	4601	0.163	99.5
3.1-3.31			0.988	0.109	14.89	23703	4301	4281	0.121	99.5
3.31-3.58			0.992	0.09	17.77	22544	4060	4028	0.1	99.2
3.58-3.92			0.994	0.076	20.39	21271	3717	3699	0.084	99.5
3.92-4.38			0.996	0.064	23.04	18895	3344	3316	0.07	99.2
4.38-5.06			0.996	0.058	24.41	16028	2969	2924	0.064	98.5
5.06-6.2			0.996	0.063	23.1	14224	2560	2502	0.07	97.7
6.2-8.77			0.996	0.057	24.8	10806	1972	1917	0.063	97.2
	8.77		0.996	0.047	30.38	5408	1123	970	0.052	86.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.19 Å	19.89 Å
Translation	6.19 Å	19.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→19.89 Å / FOM work R set: 0.8653 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	4526	5 %
R_work	0.163	85979	-
obs	0.165	90505	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.47 Å² / B_iso mean: 23.93 Å² / B_iso min: 7.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→19.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9429	0	132	1204	10765
B_iso mean	-	-	42.98	31.14	-
残基数	-	-	-	-	1220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9857
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	13484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.579	3650

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5750	X-RAY DIFFRACTION	4.958	TORSIONAL
1	2	B	5750	X-RAY DIFFRACTION	4.958	TORSIONAL
1	3	C	5750	X-RAY DIFFRACTION	4.958	TORSIONAL
1	4	D	5750	X-RAY DIFFRACTION	4.958	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.0025	0.335	150	0.2813	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0025-2.026	0.2787	148	0.2608	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.026-2.0507	0.305	152	0.2401	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0507-2.0766	0.2929	150	0.2323	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0766-2.1039	0.264	149	0.2282	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1039-2.1327	0.2506	153	0.2223	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1327-2.1631	0.261	148	0.2108	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1631-2.1954	0.2756	152	0.216	2890	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1954-2.2297	0.2488	150	0.2059	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2297-2.2662	0.2531	149	0.2071	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2662-2.3052	0.2563	150	0.195	2854	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3052-2.347	0.2381	152	0.1936	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.347-2.3921	0.2567	151	0.1827	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3921-2.4408	0.257	150	0.1825	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4408-2.4938	0.232	150	0.1753	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4938-2.5517	0.2227	149	0.1752	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5517-2.6154	0.2222	153	0.1767	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6154-2.686	0.2532	150	0.1733	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.7648	0.246	151	0.1663	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7648-2.8538	0.2127	151	0.173	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8538-2.9555	0.2065	152	0.1735	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9555-3.0734	0.2307	153	0.1614	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0734-3.2127	0.2169	151	0.1581	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2127-3.3813	0.1814	152	0.1444	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3813-3.592	0.1648	150	0.1474	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.592-3.8675	0.1609	152	0.1356	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8675-4.2532	0.1719	152	0.1249	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2532-4.8608	0.1277	152	0.1101	2888	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8608-6.0948	0.149	151	0.1253	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0948-19.89	0.1539	153	0.1459	2887	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1289	-0.0049	-0.0572	0.1229	-0.039	0.0329	0.0005	0.04	0.0077	-0.0436	-0.0112	-0.0551	0.0688	0.0836	-0.0019	0.1446	0.0098	0.0364	0.1611	0.0175	0.0813	-27.665	30.4149	6.6716
2	0.0104	-0.0044	-0.0039	0.0026	0.0032	0.0028	-0.0244	-0.1393	-0.0831	-0.0696	0.1163	-0.0302	0.0093	0.019	0.0024	0.1243	0.0536	0.0446	0.1324	0.037	0.1472	-38.3905	17.4474	16.0675
3	0.0569	0.013	-0.0044	0.0102	-0.0115	0.011	-0.0189	0.111	0.0995	0.0548	0.0523	0.0591	0.0162	0.0544	0	0.1449	0.0093	0.008	0.1323	0.0009	0.1295	-40.2833	33.5452	7.1883
4	0.028	-0.0471	-0.007	0.0722	0.0071	0.0025	-0.0069	-0.1062	0.0537	0.0195	-0.0169	0.0115	-0.0416	-0.0803	-0.0053	0.2306	0.0693	0.0644	0.1605	-0.0944	-0.112	-49.1376	46.4842	27.3504
5	0.0016	0.0004	-0.0046	0.0045	0.0024	0.0185	0.0174	-0.0137	-0.0156	-0.0243	0.1535	0.0975	-0.1398	0.0412	0.0003	0.2615	0.0541	-0.0408	0.2103	0.0489	0.2054	-50.8268	45.0274	11.6458
6	0.0081	0.0023	0.0074	0.0074	0.0118	0.0151	0.0636	0.0941	0.0874	-0.1319	-0.0831	0.0363	-0.0817	-0.0849	-0.0006	0.1258	0.0187	-0.0046	0.1149	-0.0011	0.1121	-50.852	35.0517	10.8147
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48	0.1584	0.1301	0.2131	0.7196	0.385	0.3638	0.0134	0.1805	0.1857	-0.0257	0.1368	-0.203	-0.2101	-0.0086	0.1037	0.2443	-0.0193	0.0841	0.2	0.0704	0.2133	10.2868	30.6541	25.9639
49	0.2722	-0.1498	-0.0161	0.2408	-0.0965	0.0011	0.1752	0.0906	-0.1442	-0.1651	-0.1182	0.0772	-0.0373	0.0132	0.017	0.1629	0.0657	-0.0463	0.1654	-0.0579	0.1614	-4.7685	-1.7097	24.2586
50	0.4997	-0.6222	-0.2374	0.5019	-0.095	0.1575	0.0684	0.0969	-0.1741	-0.1288	-0.0924	0.1453	0.0142	0.0107	-0.0009	0.1085	0.0338	-0.028	0.1256	-0.0493	0.1706	-1.2278	-6.587	28.2135

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 224 through 251 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 252 through 261 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 262 through 285 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 286 through 303 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 304 through 313 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 314 through 323 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 324 through 337 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 338 through 352 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 353 through 380 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 381 through 391 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 394 through 403 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 404 through 431 )	A
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 432 through 464 )	A
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 465 through 471 )	A
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 472 through 484 )	A
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 485 through 500 )	A
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 501 through 521 )	A
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 522 through 530 )	A
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 224 through 251 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 252 through 285 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 286 through 303 )	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 304 through 313 )	B
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 314 through 369 )	B
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 370 through 391 )	B
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 395 through 404 )	B
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 405 through 424 )	B
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 425 through 447 )	B
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 448 through 464 )	B
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 465 through 471 )	B
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 472 through 483 )	B
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'B' and (resid 484 through 500 )	B
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'B' and (resid 501 through 513 )	B
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'B' and (resid 514 through 530 )	B
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 224 through 251 )	C
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'C' and (resid 252 through 285 )	C
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'C' and (resid 286 through 303 )	C
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'C' and (resid 304 through 313 )	C
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'C' and (resid 314 through 323 )	C
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'C' and (resid 324 through 337 )	C
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'C' and (resid 338 through 352 )	C
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'C' and (resid 353 through 380 )	C
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'C' and (resid 381 through 391 )	C
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'C' and (resid 395 through 414 )	C
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'C' and (resid 415 through 464 )	C
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'C' and (resid 465 through 471 )	C
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'C' and (resid 472 through 500 )	C
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'C' and (resid 501 through 513 )	C
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'C' and (resid 514 through 530 )	C
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'D' and (resid 224 through 323 )	D
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'D' and (resid 324 through 530 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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