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- PDB-4wzv: Crystal structure of a hydroxamate based inhibitor EN140 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzv
タイトルCrystal structure of a hydroxamate based inhibitor EN140 in complex with the MMP-9 catalytic domain
要素Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
キーワードHYDROLASE / MMP9 Inhibitor complex / Thyroid hormone-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / : / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / positive regulation of DNA binding ...gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / : / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / positive regulation of DNA binding / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / response to amyloid-beta / Collagen degradation / macrophage differentiation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / collagen binding / cellular response to cadmium ion / embryo implantation / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / positive regulation of receptor binding / skeletal system development / Signaling by SCF-KIT / metalloendopeptidase activity / cellular response to reactive oxygen species / metallopeptidase activity / cell migration / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of apoptotic process / positive regulation of protein phosphorylation / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site ...Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Kringle-like fold / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / Chem-E40 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-1,2-PROPANEDIOL / Matrix metalloproteinase-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Stura, E.A. / Vera, L. / Cassar-Lajeunesse, E. / Nuti, E. / Dive, V. / Rossello, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: N-O-Isopropyl Sulfonamido-Based Hydroxamates as Matrix Metalloproteinase Inhibitors: Hit Selection and in Vivo Antiangiogenic Activity.
著者: Nuti, E. / Cantelmo, A.R. / Gallo, C. / Bruno, A. / Bassani, B. / Camodeca, C. / Tuccinardi, T. / Vera, L. / Orlandini, E. / Nencetti, S. / Stura, E.A. / Martinelli, A. / Dive, V. / Albini, A. / Rossello, A.
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
B: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,44331
ポリマ－35,8102
非ポリマー2,63329
水11,349630
1
A: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,15012
ポリマ－17,9051
非ポリマー1,24511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,29319
ポリマ－17,9051
非ポリマー1,38818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.950, 97.390, 45.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9 / MMP-9 / 92 kDa gelatinase / 92 kDa type IV collagenase / Gelatinase B / GELB


分子量: 17904.859 Da / 分子数: 2
断片: catalytic domain, UNP residues 110-216,catalytic domain, UNP residues 392-444
由来タイプ: 組換発現
詳細: E40 is a ligand. 7 residues have been cleaved. unp residues 110-214 and 391-444
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP9, CLG4B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14780, gelatinase B

-
非ポリマー , 10種, 659分子

#2: 化合物 ChemComp-E40 / (2R)-4-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-N-hydroxy-2-{[(4'-methoxybiphenyl-4-yl)sulfonyl](propan-2-yloxy)amino}butanamide / EN140 / (R)-N-ヒドロキシ-2-(N-イソプロピルオキシ-4′-メトキシ-4-ビフェニリルスルホニルアミノ)-4-(1,3(以下略)


分子量: 567.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C28H29N3O8S / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLG4B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#9: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % / 解説: long prismatic crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: protein: 5mg/mL hMMP9-WT with 120 milli-M acetohydroxamic acid. Reservoir: 36% MPEG 5K, 90mM bicine, pH 7.25. Cryoprotectant: 40% MPEG 5K, 5% Di-ethyleneglycol, 10% AAB buffer, pH 8.0
PH範囲: 7.25-8.0 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 38771 / Num. obs: 38365 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.17 % / Biso Wilson estimate: 21.971 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 8.41
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 3.92 % / Rmerge(I) obs: 1.339 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H3X

4h3x


解像度: 1.65→42.126 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 1918 5 %Random selection
Rwork0.176 ---
obs0.1787 38347 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2586 0 72 630 3288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1113910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4251050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6503-1.69160.25281230.18822350X-RAY DIFFRACTION90
1.6916-1.73730.20731380.15792609X-RAY DIFFRACTION99
1.7373-1.78840.26031360.16682599X-RAY DIFFRACTION100
1.7884-1.84610.21351380.15922605X-RAY DIFFRACTION100
1.8461-1.91210.20351390.15842640X-RAY DIFFRACTION100
1.9121-1.98870.18951380.15022636X-RAY DIFFRACTION100
1.9887-2.07920.25681360.16562583X-RAY DIFFRACTION100
2.0792-2.18880.22271370.16462597X-RAY DIFFRACTION100
2.1888-2.32590.20891380.16012613X-RAY DIFFRACTION100
2.3259-2.50550.22321400.18062656X-RAY DIFFRACTION100
2.5055-2.75760.21411370.17492603X-RAY DIFFRACTION100
2.7576-3.15650.23041380.18312638X-RAY DIFFRACTION100
3.1565-3.97640.2331390.16962638X-RAY DIFFRACTION100
3.9764-42.13990.25271410.20982662X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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