PDB-4wzr: Crystal structure of human Puf-A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wzr

タイトル

Crystal structure of human Puf-A

要素

Pumilio domain-containing protein KIAA0020

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Pumilio repeat protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein ADP-ribosylation / regulation of translation / chromosome / mRNA binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.154 Å

データ登録者

Qiu, C. / Hall, T.M.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: A divergent Pumilio repeat protein family for pre-rRNA processing and mRNA localization.
著者: Qiu, C. / McCann, K.L. / Wine, R.N. / Baserga, S.J. / Hall, T.M.

履歴

登録	2014年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wzr.cif.gz	423.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wzr.ent.gz	351.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wzr_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wzr_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	4wzr_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	4wzr_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wzwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4b0z-d 2d5g-d 3pos-d 3v7l-d 6kmv-1 3edx-d 6efv-d 6cko-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pumilio domain-containing protein KIAA0020

B: Pumilio domain-containing protein KIAA0020

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pumilio domain-containing protein KIAA0020

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pumilio domain-containing protein KIAA0020

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.495, 97.128, 282.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-818- HOH

#1: タンパク質	Pumilio domain-containing protein KIAA0020 / HBV X-transactivated gene 5 protein / HBV XAg-transactivated protein 5 / Minor histocompatibility ...HBV X-transactivated gene 5 protein / HBV XAg-transactivated protein 5 / Minor histocompatibility antigen HA-8 / HLA-HA8 / Puf-A 分子量: 59664.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0020, XTP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15397
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-25% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate / PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 68219 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.15→2.93 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.154→48.564 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	1998	2.93 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1811	68195	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.154→48.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8145	0	12	395	8552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8331
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	11224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.133	3219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1543-2.2082	0.2694	121	0.2265	3882	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2082-2.2679	0.2546	128	0.2117	4489	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2679-2.3347	0.2507	142	0.2037	4681	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3347-2.41	0.2739	147	0.1947	4710	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.4962	0.2426	144	0.1928	4780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4962-2.5961	0.2466	149	0.1922	4791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5961-2.7142	0.2405	139	0.1889	4733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7142-2.8573	0.2584	139	0.1946	4797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8573-3.0363	0.2448	142	0.2066	4846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0363-3.2707	0.27	146	0.1999	4788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2707-3.5997	0.2422	146	0.1786	4858	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5997-4.1204	0.2046	149	0.1618	4859	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1204-5.1903	0.1857	146	0.1521	4929	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1903-48.5763	0.2002	160	0.169	5054	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.912	1.6108	-3.9343	7.593	-2.7601	5.0095	0.2061	0.0948	0.1753	0.4594	-0.2638	0.2842	0.1307	-0.1624	0.0567	0.3284	-0.1181	-0.0369	0.3341	-0.0207	0.2199	87.2827	105.6805	161.8787
2	2.9038	0.8144	1.9402	1.1404	0.9595	1.5836	-0.1205	-0.0726	0.1225	-0.1535	0.0516	-0.0736	-0.253	0.0228	0.0628	0.4352	-0.1101	0.0688	0.3222	-0.001	0.2229	61.9102	84.7645	163.0667
3	1.7688	-0.9111	-1.8301	1.225	1.4633	3.7052	-0.0419	0.196	-0.138	-0.1575	0.0798	-0.0796	-0.1271	0.2357	-0.0252	0.325	-0.155	0.0234	0.4434	-0.0334	0.2309	62.3073	64.636	126.9857
4	7.9659	0.5331	-0.4806	1.8062	0.186	5.0129	-0.3174	-0.0425	-0.3024	-0.3474	0.2284	0.4253	0.0018	0.0683	0.095	0.3721	-0.0996	-0.1356	0.2854	-0.0114	0.6016	106.7917	92.1473	55.8592
5	2.1768	2.3809	0.469	2.6169	0.4193	0.3152	-0.4152	0.3006	0.1528	0.3133	0.1387	-1.4074	-0.2127	0.1911	0.1883	0.4207	-0.0528	-0.1961	0.3394	0.0082	0.7177	93.9546	80.9456	50.6286
6	0.9474	0.6391	-0.7054	1.7961	-1.2685	2.5597	-0.0787	0.1296	0.008	-0.1354	0.0286	-0.0077	0.0689	-0.0911	0.0501	0.1821	-0.0443	-0.0242	0.2616	-0.0539	0.2082	79.3276	59.5554	57.1617
7	1.8679	-0.2812	-1.8426	0.6215	0.8797	3.3484	0.2875	-0.2015	0.1426	0.0304	-0.1312	0.1542	-0.4549	-0.0687	-0.1208	0.3907	-0.122	0.0446	0.3079	-0.051	0.2478	60.4699	63.9577	91.5019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 131 through 211 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 212 through 374 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 375 through 646 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 127 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 180 through 248 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 249 through 399 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 400 through 646 )

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