[日本語] English
万見
- PDB-4wym: Structural basis of HIV-1 capsid recognition by CPSF6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wym
タイトルStructural basis of HIV-1 capsid recognition by CPSF6
要素
  • Capsid protein p24
  • ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
キーワードVIRAL PROTEIN / CAPSID PROTEIN / HEXAMER / ENGINEERED DISULFIDE BONDS / CPSF6 / viral restriction
機能・相同性
機能・相同性情報


exon-exon junction complex binding / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / interchromatin granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / perichromatin fibrils / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / mRNA 3'-end processing ...exon-exon junction complex binding / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / interchromatin granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / perichromatin fibrils / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / mRNA 3'-end processing / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / mRNA 3'-end processing / paraspeckles / RNA Polymerase II Transcription Termination / protein heterotetramerization / viral budding via host ESCRT complex / ribosomal large subunit binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Signaling by FGFR1 in disease / protein tetramerization / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / ISG15 antiviral mechanism / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / mRNA processing / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / symbiont-mediated suppression of host gene expression / ribonucleoprotein complex / viral translational frameshifting / mRNA binding / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain ...Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNA-binding domain superfamily / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Gag-Pol polyprotein / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Battacharya, A. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Ivanov, D.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis of HIV-1 capsid recognition by PF74 and CPSF6.
著者: Bhattacharya, A. / Alam, S.L. / Fricke, T. / Zadrozny, K. / Sedzicki, J. / Taylor, A.B. / Demeler, B. / Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Diaz-Griffero, F. / Ivanov, D.N. / Yeager, M.
履歴
登録2014年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24
D: Capsid protein p24
E: Capsid protein p24
F: Capsid protein p24
G: Capsid protein p24
H: Capsid protein p24
I: Capsid protein p24
J: Capsid protein p24
K: Capsid protein p24
L: Capsid protein p24
M: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
N: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
O: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
P: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
Q: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
R: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
S: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
T: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
U: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
V: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
W: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,33423
ポリマ－324,33423
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24
D: Capsid protein p24
E: Capsid protein p24
F: Capsid protein p24
M: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
N: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
O: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
P: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
Q: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
R: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,02112
ポリマ－163,02112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23970 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area61850 Å2
手法PISA
2
G: Capsid protein p24
H: Capsid protein p24
I: Capsid protein p24
J: Capsid protein p24
K: Capsid protein p24
L: Capsid protein p24
S: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
T: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
U: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
V: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6
W: ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,31211
ポリマ－161,31211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21960 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area61810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.790, 136.030, 207.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Capsid protein p24 / Pr55Gag


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 12 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate NY5 / 遺伝子: gag / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12497, UniProt: P12493*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
ISOFORM 2 OF CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR SUBUNIT 6 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Pre-mRNA ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Pre-mRNA cleavage factor Im 68 kDa subunit / Protein HPBRII-4/7


分子量: 1708.952 Da / 分子数: 11 / Fragment: UNP RESIDUES 313-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF6, CFIM68 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q16630
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium formate, ammonium acetate, tri-sodium citrate, sodium/potassium tartrate, sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES, MOPS; 30% glycerol, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.47 Å / Num. obs: 117525 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 62.65 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3H4E

3h4e


解像度: 2.6→48.468 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2592 2005 1.71 %random
Rwork0.2187 ---
obs0.2194 117427 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20912 0 0 0 20912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00321406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56429062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.428132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0233250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6650.35281440.2958192X-RAY DIFFRACTION100
2.665-2.73710.33981430.28938141X-RAY DIFFRACTION100
2.7371-2.81760.35211400.28058166X-RAY DIFFRACTION100
2.8176-2.90850.32451400.28738186X-RAY DIFFRACTION100
2.9085-3.01250.34461390.27828137X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.13310.29891450.2748210X-RAY DIFFRACTION100
3.1331-3.27560.26071420.26478151X-RAY DIFFRACTION100
3.2756-3.44830.31211400.25428218X-RAY DIFFRACTION100
3.4483-3.66430.28971460.24048231X-RAY DIFFRACTION100
3.6643-3.94710.23281410.2198219X-RAY DIFFRACTION100
3.9471-4.34410.23851450.19658298X-RAY DIFFRACTION100
4.3441-4.97210.22331470.17678266X-RAY DIFFRACTION100
4.9721-6.26220.24361450.21288361X-RAY DIFFRACTION100
6.2622-48.47640.22311480.17488646X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る