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- PDB-4ww7: Crystal structure of binary complex Bud32-Cgi121 in complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ww7
タイトルCrystal structure of binary complex Bud32-Cgi121 in complex with AMP
要素(EKC/KEOPS complex subunit ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / KEOPS / binary complex / Bud32-Cgi121 / tRNA t6A
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cellular bud site selection / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance / maintenance of translational fidelity / DNA recombination / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cellular bud site selection / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance / maintenance of translational fidelity / DNA recombination / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / tRNA binding / chromosome, telomeric region / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide kinase (Kdo/WaaP) family / PF0523-like / CGI121/TPRKB / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain profile. ...Lipopolysaccharide kinase (Kdo/WaaP) family / PF0523-like / CGI121/TPRKB / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / EKC/KEOPS complex subunit BUD32 / EKC/KEOPS complex subunit CGI121
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.669 Å
データ登録者Zhang, W. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of the Gon7/Pcc1 and Bud32/Cgi121 complexes provide a model for the complete yeast KEOPS complex.
著者: Zhang, W. / Collinet, B. / Graille, M. / Daugeron, M.C. / Lazar, N. / Libri, D. / Durand, D. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EKC/KEOPS complex subunit BUD32
B: EKC/KEOPS complex subunit CGI121
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,37010
ポリマ－51,4982
非ポリマー8728
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.890, 113.890, 87.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

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EKC/KEOPS complex subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit BUD32 / Atypical serine/threonine protein kinase BUD32 / Bud site selection protein 32 / Low-dye-binding ...Atypical serine/threonine protein kinase BUD32 / Bud site selection protein 32 / Low-dye-binding protein 14 / piD261


分子量: 29982.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BUD32, LDB14, YGR262C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P53323, 加水分解酵素; 酸無水物に作用, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit CGI121 / CGI-121 homolog


分子量: 21515.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CGI121, YML036W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03705

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非ポリマー , 4種, 222分子

#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 4.8, 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M NaCl, 10 mM Tris-HcL pH 7.5, 5 mM AMP and MgCl2
PH範囲: 4.6-4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.669→36.02 Å / Num. all: 236981 / Num. obs: 64292 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.69 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 18.48
反射 シェル解像度: 1.669→1.729 Å / % possible all: 98.46

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Methanocaldococcus jannaschii Bud32/Cgi121

解像度: 1.669→36.015 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 3214 5 %
Rwork0.1933 --
obs0.1943 64286 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.191 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2628 Å2-0 Å20 Å2
2---2.2628 Å2-0 Å2
3---4.5255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.669→36.015 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3149 0 54 214 3417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0934437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6221140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6694-1.69440.28041340.24472551X-RAY DIFFRACTION97
1.6944-1.72080.24351380.22862618X-RAY DIFFRACTION100
1.7208-1.7490.24291420.21872698X-RAY DIFFRACTION100
1.749-1.77920.23961380.1972630X-RAY DIFFRACTION100
1.7792-1.81160.23461400.19742653X-RAY DIFFRACTION100
1.8116-1.84640.21431390.1922634X-RAY DIFFRACTION100
1.8464-1.88410.22681390.19382652X-RAY DIFFRACTION100
1.8841-1.9250.22651400.19142655X-RAY DIFFRACTION100
1.925-1.96980.20941400.20512658X-RAY DIFFRACTION100
1.9698-2.01910.2511400.19042667X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.07370.2361400.19082654X-RAY DIFFRACTION100
2.0737-2.13470.20821410.18922685X-RAY DIFFRACTION100
2.1347-2.20360.20521380.19282622X-RAY DIFFRACTION100
2.2036-2.28230.23911410.18762669X-RAY DIFFRACTION99
2.2823-2.37370.19711410.19542673X-RAY DIFFRACTION100
2.3737-2.48170.23181400.19362671X-RAY DIFFRACTION100
2.4817-2.61250.21681400.20352664X-RAY DIFFRACTION100
2.6125-2.77610.23511400.20362662X-RAY DIFFRACTION99
2.7761-2.99040.2191400.20532642X-RAY DIFFRACTION100
2.9904-3.29110.21281400.2042677X-RAY DIFFRACTION99
3.2911-3.76690.18421400.18482659X-RAY DIFFRACTION99
3.7669-4.74420.16011410.15892671X-RAY DIFFRACTION99
4.7442-36.02350.22391420.18632707X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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