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- PDB-4wvw: Chicken Galectin-8 N-terminal domain complexed with 3'-sialyl-lactose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvw
タイトルChicken Galectin-8 N-terminal domain complexed with 3'-sialyl-lactose
要素Galectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / carbohydrate recognition domain
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-alpha-lactose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Galectin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Ruiz, F.M. / Romero, A.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2015
タイトル: Combining Crystallography and Hydrogen-Deuterium Exchange to Study Galectin-Ligand Complexes.
著者: Ruiz, F.M. / Gilles, U. / Lindner, I. / Andre, S. / Romero, A. / Reusch, D. / Gabius, H.J.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2643
ポリマ－16,5241
非ポリマー7402
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.459, 56.459, 198.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

21A-373-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Galectin / Galectin 8


分子量: 16524.283 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 9-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pqe60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1W2P6
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / 3'-sialyl-alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-alpha-lactose
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% w/v PEG 4000, 100 Mm Tris-HCl pH 8.5, 200 mM Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→49.75 Å / Num. all: 33211 / Num. obs: 33211 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 1.807 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured obs: 23984 / Num. unique all: 1610 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YV8

2yv8


解像度: 1.47→47.48 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 3098 5.13 %
Rwork0.1764 57300 -
obs0.1773 60398 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.05 Å2 / Biso mean: 21.5999 Å2 / Biso min: 8.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1164 0 50 191 1405
Biso mean--23.36 33.97 -
残基数----144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6281739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.859475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.47-1.4930.35131200.291626322752
1.493-1.51750.2821510.262225872738
1.5175-1.54360.30921200.273126182738
1.5436-1.57170.2451410.235926292770
1.5717-1.60190.22771690.215125802749
1.6019-1.63460.23211380.21225742712
1.6346-1.67020.20961500.193626142764
1.6702-1.7090.19611170.193726552772
1.709-1.75180.19351360.191525712707
1.7518-1.79910.21841610.183925982759
1.7991-1.85210.22041610.176925652726
1.8521-1.91190.18171650.166125812746
1.9119-1.98020.18341380.164825932731
1.9802-2.05950.20411600.163625842744
2.0595-2.15320.21271220.157326342756
2.1532-2.26670.17071410.157926192760
2.2667-2.40870.21321190.170626232742
2.4087-2.59470.23641360.181826072743
2.5947-2.85580.21321540.183325852739
2.8558-3.2690.17451250.175926322757
3.269-4.11820.16441570.142225752732
4.1182-47.50740.13811170.16926442761
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3934-0.4640.48861.2617-0.08830.9362-0.0335-0.05530.0312-0.125-0.07170.3401-0.1972-0.48270.06470.1970.07270.00650.1715-0.05530.1815-7.842215.40930.3558
21.7415-0.06540.77382.23450.51140.8689-0.00930.06010.1666-0.16480.0743-0.0374-0.36650.17-0.11860.1749-0.03280.02630.072-0.03510.12616.442720.3378-1.1244
30.9018-0.6653-0.24423.38563.06343.66920.108-0.35620.2450.33920.0871-0.3153-0.24270.2468-0.10280.2188-0.06850.0220.165-0.09270.187713.732819.34397.9898
41.0077-0.39250.37131.76470.49311.99560.0610.0090.0004-0.061-0.02160.0176-0.0361-0.0407-0.03690.0977-0.00920.01820.0611-0.02970.09361.840310.6916-1.4661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:37)A9 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 38:80)A38 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 81:90)A81 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 91:152)A91 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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