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- PDB-4wvt: Crystal structure of XIAP-BIR2 domain complexed with ligand bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvt
タイトルCrystal structure of XIAP-BIR2 domain complexed with ligand bound
要素
  • 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
  • E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードAPOPTOSIS / IAP / XIAP-BIR2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage ...regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of PTEN stability and activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Pokross, M.E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Discovery of Macrocyclic XIAP Antagonists from a DNA-Programmed Chemistry Library, and Their Optimization To Give Lead Compounds with in Vivo Antitumor Activity.
著者: Seigal, B.A. / Connors, W.H. / Fraley, A. / Borzilleri, R.M. / Carter, P.H. / Emanuel, S.L. / Fargnoli, J. / Kim, K. / Lei, M. / Naglich, J.G. / Pokross, M.E. / Posy, S.L. / Shen, H. / Surti, ...著者: Seigal, B.A. / Connors, W.H. / Fraley, A. / Borzilleri, R.M. / Carter, P.H. / Emanuel, S.L. / Fargnoli, J. / Kim, K. / Lei, M. / Naglich, J.G. / Pokross, M.E. / Posy, S.L. / Shen, H. / Surti, N. / Talbott, R. / Zhang, Y. / Terrett, N.K.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / software / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
C: 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
D: 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4126
ポリマ－24,2814
非ポリマー1312
水2,972165
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
C: 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2063
ポリマ－12,1412
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5190 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
D: 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2063
ポリマ－12,1412
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.200, 38.530, 56.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / hIAP3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 11359.649 Da / 分子数: 2 / 変異: C202A, C231G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM


タイプ: Cyclic peptide / クラス: Antagonist / 分子量: 780.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
参照: (3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: .98 M Ammonium Sulfate and .1M Ammonium Formate. Single crystals formed after streak seeding.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月3日
放射モノクロメーター: MicoMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 10044 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→25.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8956 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 499 4.98 %RANDOM
Rwork0.1739 ---
obs0.1768 10025 95.75 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1427 Å20 Å2-0.9086 Å2
2--3.2887 Å20 Å2
3----6.4314 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→25.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1288 0 118 165 1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011561HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.972210HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d514SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes315HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1561HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion161SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1871SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.19 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 124 4.83 %
Rwork0.1831 2443 -
all0.1852 2567 -
obs--95.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65720.27850.03381.3952-0.35351.10360.0478-0.0475-0.01850.04460.001-0.08180.08060.0022-0.0488-0.05560.0056-0.0013-0.0409-0.00530.01826.16170.17791.3407
22.0080.511-0.26991.83750.23571.19930.0347-0.08720.03260.07470.0020.0627-0.0754-0.0116-0.0367-0.06470.00930.0074-0.04900.00310.3589.4468-26.9902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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