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万見
- PDB-4wvf: Crystal structure of KPT276 in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvf
タイトルCrystal structure of KPT276 in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • Crm1p
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN INHIBITOR / CRM1 / inhibitor / SINE / KPT / TRANSPORT PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding ...Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / viral process / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / actin cytoskeleton organization / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Chem-K76 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sun, Q. / Chook, Y.
引用ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2015
タイトル: Nuclear export inhibitors avert progression in preclinical models of inflammatory demyelination.
著者: Haines, J.D. / Herbin, O. / de la Hera, B. / Vidaurre, O.G. / Moy, G.A. / Sun, Q. / Fung, H.Y. / Albrecht, S. / Alexandropoulos, K. / McCauley, D. / Chook, Y.M. / Kuhlmann, T. / Kidd, G.J. / ...著者: Haines, J.D. / Herbin, O. / de la Hera, B. / Vidaurre, O.G. / Moy, G.A. / Sun, Q. / Fung, H.Y. / Albrecht, S. / Alexandropoulos, K. / McCauley, D. / Chook, Y.M. / Kuhlmann, T. / Kidd, G.J. / Shacham, S. / Casaccia, P.
履歴
登録2014年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Crm1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,82015
ポリマ－158,2493
非ポリマー1,57212
水24,6631369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area58060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.909, 105.909, 305.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16320.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Crm1p


分子量: 117471.922 Da / 分子数: 1 / Mutation: T539C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: R008 / 遺伝子: Crm1, R008_G21866 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W7PTE1

-
非ポリマー , 7種, 1381分子

#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-K76 / (2E)-3-{3-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]-1H-1,2,4-triazol-1-yl}-1-(3,3-difluoroazetidin-1-yl)prop-2-en-1-one


分子量: 426.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10F8N4O
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.6, 0.2M NH4NO3 and 18% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 159687 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.362 / Net I/av σ(I): 33.892 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 1188877
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.8-1.833.575990.47596.3
1.83-1.863.977850.47798.6
1.86-1.94.578560.5199.60.939
1.9-1.945.379060.699.90.689
1.94-1.986.479090.58199.90.609
1.98-2.037.279380.611000.486
2.03-2.088.179290.6921000.396
2.08-2.138.479200.7441000.321
2.13-2.28.479730.7811000.266
2.2-2.278.579360.9811000.222
2.27-2.358.479521.0071000.177
2.35-2.448.579811.1071000.148
2.44-2.558.679491.2341000.123
2.55-2.698.680241.3781000.105
2.69-2.868.680441.561000.086
2.86-3.088.680181.8321000.072
3.08-3.398.681082.1999.90.061
3.39-3.888.481212.841000.057
3.88-4.88882373.15199.80.052
4.88-507.985022.15398.10.039

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 6.846 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1835 7989 5 %RANDOM
Rwork0.1365 151448 --
obs0.139 -99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 354.49 Å2 / Biso mean: 45.781 Å2 / Biso min: 22.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10947 0 97 1369 12413
Biso mean--55.07 56.81 -
残基数----1356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.96715617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77325709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.02951419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94625.138545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.899152123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5611552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0485511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0415510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7696907
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.785311407
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.8465178
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.385511856
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 517 -
Rwork0.316 10056 -
all-10573 -
obs--90.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2632-0.0157-0.17220.7864-0.17011.02330.0440.09720.0249-0.00960.0436-0.1015-0.09090.0587-0.08760.0335-0.00940.00970.1479-0.01130.02564.012348.678832.2817
20.75590.1043-0.04811.72210.60861.4043-0.0181-0.1130.0292-0.0759-0.0053-0.0307-0.21280.19450.02340.1018-0.02670.03880.15410.02440.03665.960471.245120.1482
30.1183-0.04930.01020.29010.0630.40230.01580.008-0.00050.00620.014-0.0331-0.00670.0192-0.02980.0171-0.0145-0.00240.07210.00160.0056-12.926538.494830.9577
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 304
2X-RAY DIFFRACTION2B63 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 1276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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