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万見
- PDB-4wv6: Heterodimer of Importin alpha 1 with nuclear localization signal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wv6
タイトルHeterodimer of Importin alpha 1 with nuclear localization signal of TAF8
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 8
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nuclear import / Armadillo repeats / NLS
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / DNA-templated transcription open complex formation / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / maintenance of protein location in nucleus / regulation of fat cell differentiation / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / DNA-templated transcription open complex formation / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / maintenance of protein location in nucleus / regulation of fat cell differentiation / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / inner cell mass cell proliferation / nuclear import signal receptor activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / nuclear localization sequence binding / DNA metabolic process / NLS-bearing protein import into nucleus / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mRNA transcription by RNA polymerase II / ISG15 antiviral mechanism / histone deacetylase binding / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell / nuclear membrane / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / protein heterodimerization activity / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain ...Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Histone-fold / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Trowitzsch, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Commission (EC) Research Executive Agency (REA)254671 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Cytoplasmic TAF2-TAF8-TAF10 complex provides evidence for nuclear holo-TFIID assembly from preformed submodules.
著者: Trowitzsch, S. / Viola, C. / Scheer, E. / Conic, S. / Chavant, V. / Fournier, M. / Papai, G. / Ebong, I.O. / Schaffitzel, C. / Zou, J. / Haffke, M. / Rappsilber, J. / Robinson, C.V. / ...著者: Trowitzsch, S. / Viola, C. / Scheer, E. / Conic, S. / Chavant, V. / Fournier, M. / Papai, G. / Ebong, I.O. / Schaffitzel, C. / Zou, J. / Haffke, M. / Rappsilber, J. / Robinson, C.V. / Schultz, P. / Tora, L. / Berger, I.
履歴
登録2014年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,07815
ポリマ－54,3333
非ポリマー74512
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.270, 77.720, 128.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Karyopherin subunit alpha-2 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 50988.684 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 60-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52292
#2: タンパク質・ペプチド Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription ...Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription initiation factor TFIID 43 kDa subunit / hTAFII43


分子量: 1672.133 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 297-310 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7C8
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: HEPES-NaOH, polyethylene glycole 3350, L-proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→49.54 Å / Num. obs: 55423 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.18
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7745 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. measured obs: 5436 / % possible all: 99.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RZ9

3rz9


解像度: 1.75→49.536 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1799 2772 5 %
Rwork0.1533 --
obs0.1546 55419 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3337 0 48 463 3848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1584706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8631283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.78020.26811350.2412547X-RAY DIFFRACTION99
1.7802-1.81260.27521370.23452616X-RAY DIFFRACTION99
1.8126-1.84740.29511360.21922584X-RAY DIFFRACTION100
1.8474-1.88510.24451370.20322591X-RAY DIFFRACTION99
1.8851-1.92610.24981360.19592585X-RAY DIFFRACTION99
1.9261-1.97090.25581370.18062605X-RAY DIFFRACTION100
1.9709-2.02020.1781360.16942598X-RAY DIFFRACTION100
2.0202-2.07480.18751370.15612599X-RAY DIFFRACTION100
2.0748-2.13590.16411370.14792600X-RAY DIFFRACTION100
2.1359-2.20480.17341380.14412628X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.28360.16441390.13632628X-RAY DIFFRACTION100
2.2836-2.37510.16891380.13132627X-RAY DIFFRACTION100
2.3751-2.48320.15341380.13282615X-RAY DIFFRACTION100
2.4832-2.61410.18491390.13332655X-RAY DIFFRACTION100
2.6141-2.77780.14771390.13562626X-RAY DIFFRACTION100
2.7778-2.99230.17341400.14852666X-RAY DIFFRACTION100
2.9923-3.29340.1981390.15382644X-RAY DIFFRACTION100
3.2934-3.76980.17091420.15522693X-RAY DIFFRACTION100
3.7698-4.74890.14991430.12952712X-RAY DIFFRACTION100
4.7489-49.55560.17861490.16972828X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8369-1.61951.25835.06741.4382.9207-0.02930.1619-0.4010.10340.13670.07510.36530.4107-0.05660.290.06860.06590.1784-0.00070.2373-10.4768-32.854523.955
23.1681-1.13110.98512.1834-1.31992.536-0.076-0.2069-0.13570.04910.10380.19580.09-0.0953-0.05250.1681-0.00190.03260.10810.00770.1841-24.4319-19.46824.9185
30.51930.2062-0.25464.2391-1.71373.5453-0.02110.0544-0.03190.1913-0.0028-0.0547-0.0140.0830.02140.11350.0217-0.0030.14510.02480.1723-26.5475-0.12414.9012
41.61150.1446-0.77711.1097-1.01384.4342-0.005-0.0235-0.14010.0254-0.0092-0.0577-0.10280.1330.00510.12-0.01680.00090.1302-0.00210.1569-22.583213.6981-5.8999
56.962-5.50591.68175.8169-3.94366.5829-0.05690.1694-0.1630.06140.03030.45220.1733-0.5898-0.04160.1273-0.03130.00960.2204-0.03010.1296-27.640512.758-20.5341
63.90242.2752-0.4856.9472-0.59833.9518-0.25830.3797-0.1568-0.57850.1512-0.00380.5004-0.34460.09630.2939-0.01650.02430.2885-0.02610.1279-22.904512.2388-29.1505
76.11242.1002-1.13158.76942.42395.3775-0.10730.54550.87830.31720.1745-0.8846-1.18841.05660.27010.2539-0.06370.00090.28290.03680.3469-11.664-14.977720.1383
82.0597-0.24330.27968.665-2.44591.9986-0.57990.7796-1.26850.08330.19630.91621.2269-0.3178-0.0250.5547-0.14050.01040.50580.0230.449-30.10163.2556-4.2726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 72 through 120 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 121 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 223 through 322 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 323 through 433 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 434 through 454 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 455 through 497 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 297 through 305 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 306 through 308 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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