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- PDB-4wui: Crystal structure of TrpF from Jonesia denitrificans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wui
タイトルCrystal structure of TrpF from Jonesia denitrificans
要素N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase
キーワードISOMERASE / TIM-BARREL / TRYPTOPHAN SYNTHESIS / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / L-tryptophan metabolic process / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase family / N-(5'phosphoribosyl) anthranilate isomerase (PRAI) domain / N-(5'phosphoribosyl)anthranilate (PRA) isomerase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Jonesia denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Michalska, K. / Verduzco-Castro, E.A. / Endres, M. / Barona-Gomez, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: Co-occurrence of analogous enzymes determines evolution of a novel ( beta alpha )8-isomerase sub-family after non-conserved mutations in flexible loop.
著者: Verduzco-Castro, E.A. / Michalska, K. / Endres, M. / Juarez-Vazquez, A.L. / Noda-Garcia, L. / Chang, C. / Henry, C.S. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Barona-Gomez, F.
履歴
登録2014年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Refinement description
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0074
ポリマ－21,4311
非ポリマー5763
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.423, 64.289, 66.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase / PRAI


分子量: 21431.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Jonesia denitrificans (バクテリア)
株: ATCC 14870 / DSM 20603 / CIP 55134 / 遺伝子: trpF, Jden_0894 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD
参照: UniProt: C7R2I5, phosphoribosylanthranilate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis/Tris propane:NaOH, pH 7, 2 M (NH4)2HCITRATE, no extra cryo

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→25 Å / Num. obs: 88243 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 1.09→1.11 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
SBC-Collectデータ収集
SHARP位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.09→24.712 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 11.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Hydrogen atoms were added in riding positions. The mFo-DFc difference map shows a strong peak near His82, which is possibly a disordered citrate molecule.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1376 1782 2.02 %
Rwork0.1279 --
obs0.1281 88155 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→24.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1496 0 39 260 1795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5142326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.783586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.09-1.13990.21962180.211810215X-RAY DIFFRACTION95
1.1399-1.20.15052170.145310708X-RAY DIFFRACTION100
1.2-1.27520.13532240.122310769X-RAY DIFFRACTION100
1.2752-1.37360.13612220.111810787X-RAY DIFFRACTION100
1.3736-1.51190.10842180.096210819X-RAY DIFFRACTION100
1.5119-1.73060.12082330.094210847X-RAY DIFFRACTION100
1.7306-2.18020.12732190.111310957X-RAY DIFFRACTION100
2.1802-24.71780.14462310.144611271X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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