[日本語] English
万見
- PDB-4wtz: Human CEACAM6-CEACAM8 N-domain heterodimer complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wtz
タイトルHuman CEACAM6-CEACAM8 N-domain heterodimer complex
要素
  • Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
  • Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
キーワードCELL ADHESION / dimer / complex / CEACAM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / Fibronectin matrix formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / azurophil granule membrane / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / negative regulation of anoikis / side of membrane / specific granule membrane ...positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / Fibronectin matrix formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / azurophil granule membrane / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / negative regulation of anoikis / side of membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of cell migration / immune response / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8 / Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6 / Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Kirouac, K.N. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human CEACAM6-CEACAM8 N-domain heterodimer complex
著者: Kirouac, K.N. / Prive, G.G.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
D: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
E: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
F: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
G: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
H: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
I: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
J: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
K: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
L: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,70915
ポリマ－144,53312
非ポリマー1763
水3,495194
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
J: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2064
ポリマ－24,0892
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
2
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
I: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1483
ポリマ－24,0892
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
3
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
G: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0892
ポリマ－24,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
4
D: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
H: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0892
ポリマ－24,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
5
E: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
L: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0892
ポリマ－24,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
6
F: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
K: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0892
ポリマ－24,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.146, 113.582, 123.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6 / Non-specific crossreacting antigen / Normal cross-reacting antigen


分子量: 11913.239 Da / 分子数: 6 / 断片: N domain (UNP residues 34-141) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM6, NCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40199
#2: タンパク質
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8 / cDNA / FLJ93041 / Homo sapiens carcinoembryonic antigen-related cell adhesionmolecule 8 (CEACAM8) / mRNA


分子量: 12175.664 Da / 分子数: 6 / 断片: N domain (UNP residues 34-141) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM8, hCG_21882 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0Z7S6, UniProt: P31997*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 2000 MME, NiSO4, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→83.49 Å / Num. obs: 52367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 17.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
d*TREKデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WHC

4whc


解像度: 2.52→83.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 22.514 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.572 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 1998 3.8 %RANDOM
Rwork0.2053 ---
obs0.2064 50295 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.54 Å2 / Biso mean: 29.103 Å2 / Biso min: 16.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→83.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10178 0 3 194 10375
Biso mean--70.42 50.94 -
残基数----1300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01910397
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.029806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0461.9514165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.254322479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.29551289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63925.08500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.542151676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6711554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8632.8555195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8632.8555194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4414.2786471
LS精密化 シェル解像度: 2.521→2.587 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 149 -
Rwork0.314 3661 -
all-3810 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.25081.69361.07154.36292.31443.7255-0.29840.25420.2168-0.25950.15560.18250.15570.31230.14280.12670.1123-0.01450.32940.06710.0361-4.68328.306-18.338
23.7247-3.1296-1.01238.37062.56322.7292-0.1546-0.3051-0.40630.11780.23440.64920.11940.1595-0.07980.0214-0.0297-0.00640.31260.08520.1167-20.16628.578-43.696
35.45853.60310.40824.12350.95543.17810.23060.5217-0.1691-0.15690.0981-0.2008-0.27210.0838-0.32880.12970.15150.09590.36130.02930.17726.07226.686-58.094
44.4858-3.0449-0.55274.57070.65112.20390.0291-0.33140.19940.10740.1051-0.2003-0.01150.0465-0.13410.035-0.0322-0.05520.3067-0.00220.125120.43429.937-2.817
55.1684-1.3711-0.01096.9474-1.07666.0439-0.2998-0.2547-0.710.83910.08220.49380.3002-0.28240.21760.1580.07240.08010.3025-0.06930.2318-4.82927.83710.967
64.44730.08470.82515.099-2.12215.4176-0.1649-0.0374-0.65220.4260.1543-0.01690.0263-0.2070.01060.1121-0.0350.1110.2747-0.11460.225835.78627.519-50.141
75.1915-0.4479-1.31283.66710.22016.28060.3413-0.31640.69460.71390.1980.3511-0.8350.0206-0.53930.46840.00130.37680.2176-0.00780.42939.94644.332-38.978
83.3552-0.55170.60694.00230.86024.70920.04380.3306-0.3396-0.55360.03460.36870.2384-0.0335-0.07840.1320.0036-0.11990.2247-0.01660.250223.95412.309-21.828
93.532-0.3193-0.4715.89070.58335.89930.03040.0939-0.0692-0.9807-0.16020.7107-0.5625-0.57180.12980.25830.0367-0.16220.2736-0.05170.2739-34.67748.84-52.939
105.0155-0.0727-0.59267.41350.51736.1644-0.4702-0.1221-0.35990.9093-0.18081.08021.3281-0.57880.65110.6632-0.02840.34040.3141-0.12620.4328-19.9588.555-10.179
116.18450.9938-1.17731.9997-2.08774.3612-0.19-0.6105-1.7511-0.1122-0.24-1.21830.70570.85220.430.52620.20690.03690.61040.14581.446853.53811.973-39.722
126.0837-0.31771.43015.2236-0.39643.0027-0.0726-0.3631-0.75810.91890.0884-0.32910.0488-0.0038-0.01580.7010.1297-0.02520.43110.12660.509812.53711.80722.571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9I0 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11K0 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12L0 - 108

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る