[日本語] English
万見
- PDB-4wtb: BthTX-I, a svPLA2s-like toxin, complexed with zinc ions -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wtb
タイトルBthTX-I, a svPLA2s-like toxin, complexed with zinc ions
要素Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
キーワードTOXIN / svPLA2-like inhibitor / BthTX-I
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops jararacussu (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)12/06502-5 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)09/12155-3 ブラジル
CAPES1592/2011 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Functional and structural studies of a Phospholipase A2-like protein complexed to zinc ions: Insights on its myotoxicity and inhibition mechanism.
著者: Borges, R.J. / Cardoso, F.F. / Fernandes, C.A. / Dreyer, T.R. / de Moraes, D.S. / Floriano, R.S. / Rodrigues-Simioni, L. / Fontes, M.R.
履歴
登録2014年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
B: Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9339
ポリマ－27,4742
非ポリマー4597
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.580, 56.580, 129.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1 / svPLA2 homolog / BOJU-I / Bothropstoxin I / BtxtxI / Myotoxic phospholipase A2-like / Phospholipase ...svPLA2 homolog / BOJU-I / Bothropstoxin I / BtxtxI / Myotoxic phospholipase A2-like / Phospholipase A2 homolog 1


分子量: 13737.113 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-137 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops jararacussu (ヘビ) / 器官: venom gland / 参照: UniProt: Q90249
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1843.54
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.5Reservoir solution: 0.1 M TRIS HCl pH 8.5, 30% PEG4k and 0.1M LiSO4 Drop set up: 0.8 uL of protein (10.1 mg/mL), 0.09 uL of ZnCl2 (1 M), 0.32 uL of MnSO4 (12.5 mM) and 0.48 uL of reservoir solution
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.5Reservoir solution: 0.1 M TRIS HCl pH 8.5, 30% PEG4k and 0.1M LiSO4 Drop set up: 0.8 uL of protein (10.1 mg/mL), 0.09 uL of ZnCl2 (1 M), 0.32 uL of MnSO4 (12.5 mM) and 0.48 uL of reservoir solution

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1801
2802
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンLNLS D03B-MX111.608
シンクロトロンLNLS W01B-MX221.283
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2011年9月15日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2012年6月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.6081
21.2831
反射解像度: 2.16→45.84 Å / Num. obs: 13020 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 13.17
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HZD

3hzd


解像度: 2.16→45.83 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Hexagonal crystals data set used to structure refinement. Hexagonal isomorphous crystal data set used to locate zinc.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 651 5 %Random selection
Rwork0.1905 ---
obs0.1927 13016 96.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 15 116 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8832640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.439726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.3280.36471280.27962443X-RAY DIFFRACTION97
2.328-2.56230.23231320.21182493X-RAY DIFFRACTION100
2.5623-2.9330.24551310.19262500X-RAY DIFFRACTION99
2.933-3.69510.20171300.17042458X-RAY DIFFRACTION97
3.6951-45.84040.22691300.17922471X-RAY DIFFRACTION91

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る