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- PDB-4wsw: The crystal structure of hemagglutinin from A/green-winged teal/T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsw
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from A/green-winged teal/Texas/Y171/2006 influenza virus
要素
  • Hemagglutinin HA1 chain
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードVIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / influenza virus / H10
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin HA2 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structure and receptor binding preferences of recombinant hemagglutinins from avian and human h6 and h10 influenza a virus subtypes.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,95918
ポリマ－169,3056
非ポリマー2,65412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35640 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area57020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.917, 144.629, 209.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13B
23D
14B
24F
15C
25E
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA0 - 3184 - 322
21GLUGLUCC0 - 3184 - 322
12GLUGLUAA0 - 3184 - 322
22GLUGLUEE0 - 3184 - 322
13ASNASNBB1 - 1721 - 172
23ASNASNDD1 - 1721 - 172
14ASNASNBB1 - 1721 - 172
24ASNASNFF1 - 1721 - 172
15GLUGLUCC0 - 3184 - 322
25GLUGLUEE0 - 3184 - 322
16ASNASNDD1 - 1721 - 172
26ASNASNFF1 - 1721 - 172

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 35494.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/green-winged teal/Texas/Y171/2006 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0J9X250*PLUS
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20940.072 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/green-winged teal/Texas/Y171/2006 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0J9X251*PLUS
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5 and 30% (v/v) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 54072 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 12.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M5G

3m5g


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 31.527 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.94 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1975 3.7 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.225 52097 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å20 Å20 Å2
2--4.1 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11466 0 168 0 11634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0210950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.95316143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.201325176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.03851467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41525.185567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.733152028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3681557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4615.5595886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4615.5585885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6878.3417347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6868.3437348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1476.3116042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1466.316042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.3129.2168797
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.47445.48413080
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.47245.48513080
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A178560.1
12C178560.1
21A176650.11
22E176650.11
31B87300.11
32D87300.11
41B82840.15
42F82840.15
51C175650.12
52E175650.12
61D81820.16
62F81820.16
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 146 -
Rwork0.296 3808 -
obs--98.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09940.041-0.18070.0985-0.06630.33980.0094-0.01790.01830.00190.01620.0681-0.05920.0294-0.02560.17980.0132-0.0290.0359-0.00280.1221-38.755121.5139-0.3374
20.26870.2302-0.54920.247-0.41651.2615-0.02760.0257-0.0243-0.09730.03-0.0674-0.0451-0.1126-0.00250.23870.00330.03040.0622-0.00760.0598-17.24540.1813-43.5286
30.21680.0823-0.15270.132-0.22680.533-0.0162-0.00090.01010.0246-0.0139-0.06550.10540.06640.030.17530.0486-0.07480.0191-0.00130.1378-9.309510.08883.5868
40.04940.115-0.1220.5229-0.78241.90520.05990.0026-0.01590.0295-0.01170.0128-0.05860.3772-0.04820.154-0.06920.02410.1905-0.03380.08610.138328.6187-43.5087
50.1695-0.048-0.17470.5443-0.54120.9584-0.08880.02-0.0154-0.08010.1218-0.03670.1965-0.1806-0.0330.2043-0.0585-0.05840.04020.01370.1221-31.825-7.5222-11.931
60.5745-0.0779-0.68270.4433-0.41421.40570.1042-0.02990.0877-0.0427-0.0031-0.0148-0.080.0387-0.10110.229-0.06010.07860.0208-0.03350.0656-17.032521.4127-52.4037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 172
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 318
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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