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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wrt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Influenza B polymerase with bound vRNA promoter (form FluB2) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Reich, S. / Guilligay, D. / Pflug, A. / Cusack, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Structural insight into cap-snatching and RNA synthesis by influenza polymerase. 著者: Reich, S. / Guilligay, D. / Pflug, A. / Malet, H. / Berger, I. / Crepin, T. / Hart, D. / Lunardi, T. / Nanao, M. / Ruigrok, R.W. / Cusack, S. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of influenza A polymerase bound to the viral RNA promoter 著者: Pflug, A. / Guilligay, D. / Reich, S. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wrt.cif.gz | 403.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wrt.ent.gz | 308.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wrt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wrt_validation.pdf.gz | 481.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wrt_full_validation.pdf.gz | 486.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4wrt_validation.xml.gz | 63.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wrt_validation.cif.gz | 92.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Influenza virus polymerase vRNA promoter ... , 2種, 2分子 RV
#1: RNA鎖 | 分子量: 5584.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 4557.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) |
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#3: タンパク質 | 分子量: 85822.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal extension contains His-tag. C-terminal extension contains linker and residual TEV cleavage site 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 株: B/Memphis/13/03 / 遺伝子: PA / プラスミド: pKL-PBac / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Z9 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 86207.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal extension contains linker. C-terminal extension contains linker and residual TEV cleavage site 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 株: B/Memphis/13/03 / 遺伝子: PB1 / プラスミド: pKL-PBac / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 90844.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal extension contains linker. C-terminal extension contains linker, STRP tag and residual TEV cleavage site 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 株: B/Memphis/13/03 / 遺伝子: PB2 / プラスミド: pKL-PBac / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3 |
-非ポリマー , 1種, 809分子
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.7 % / 解説: Plate |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1 M LiCl, 10% PEG 6000 and 0.1 M bicine pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 120050 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WSA 解像度: 2.7→49.657 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.657 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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