[日本語] English
万見
- PDB-4wr8: Macrophage Migration Inhibitory Factor in complex with a biaryltr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wr8
タイトルMacrophage Migration Inhibitory Factor in complex with a biaryltriazole inhibitor (3b-180)
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / CD74 binding / tautomerase / inhibitor / complex / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / vesicle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Robertson, M.J. / Baxter, R.H.G. / Jorgensen, W.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM32136 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Design, synthesis, and protein crystallography of biaryltriazoles as potent tautomerase inhibitors of macrophage migration inhibitory factor.
著者: Dziedzic, P. / Cisneros, J.A. / Robertson, M.J. / Hare, A.A. / Danford, N.E. / Baxter, R.H. / Jorgensen, W.L.
履歴
登録2014年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
D: Macrophage migration inhibitory factor
E: Macrophage migration inhibitory factor
F: Macrophage migration inhibitory factor
G: Macrophage migration inhibitory factor
H: Macrophage migration inhibitory factor
I: Macrophage migration inhibitory factor
J: Macrophage migration inhibitory factor
K: Macrophage migration inhibitory factor
L: Macrophage migration inhibitory factor
M: Macrophage migration inhibitory factor
N: Macrophage migration inhibitory factor
O: Macrophage migration inhibitory factor
P: Macrophage migration inhibitory factor
Q: Macrophage migration inhibitory factor
R: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,28180
ポリマ－222,39118
非ポリマー6,89062
水4,252236
1
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,21813
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,15310
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Macrophage migration inhibitory factor
E: Macrophage migration inhibitory factor
F: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,24114
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,17611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Macrophage migration inhibitory factor
H: Macrophage migration inhibitory factor
I: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,24114
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,17611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Macrophage migration inhibitory factor
K: Macrophage migration inhibitory factor
L: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,24114
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,17611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Macrophage migration inhibitory factor
N: Macrophage migration inhibitory factor
O: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,12212
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,0579
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
P: Macrophage migration inhibitory factor
Q: Macrophage migration inhibitory factor
R: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,21813
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,15310
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.644, 138.644, 266.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
51M
61P
12B
22E
32H
42K
52N
62Q
13C
23F
33I
43L
53O
63R

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 122
2114D1 - 122
3114G1 - 122
4114J1 - 122
5114M1 - 122
6114P1 - 122
1124B1 - 122
2124E1 - 122
3124H1 - 122
4124K1 - 122
5124N1 - 122
6124Q1 - 122
1134C1 - 122
2134F1 - 122
3134I1 - 122
4134L1 - 122
5134O1 - 122
6134R1 - 122

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.019716, 0.9998, -0.003396), (0.999805, 0.019719, 0.000872), (0.000939, -0.003378, -0.999994)71.04791, -69.43652, 156.92517
3given(-0.477313, 0.878717, 0.005336), (0.878729, 0.477282, 0.00619), (0.002892, 0.007643, -0.999967)102.34663, -61.17978, 67.1863
4given(0.557014, -0.830464, -0.008098), (-0.830482, -0.557042, 0.001618), (-0.005854, 0.005824, -0.999966)12.75042, -38.69252, 178.7968
5given(-0.841856, -0.5397, 0.001341), (0.539701, -0.841852, 0.00283), (-0.000398, 0.003106, 0.999995)31.81053, -58.60316, -21.52083
6given(-0.446671, -0.894692, 0.003241), (-0.894698, 0.446669, -0.001438), (-0.000161, -0.003542, -0.999994)7.1552, 30.99567, 89.74093
7given(1), (1), (1)
8given(-0.02436, 0.999701, -0.002039), (0.999703, 0.02436, 9.7E-5), (0.000147, -0.002036, -0.999998)71.18914, -69.23686, 156.98668
9given(-0.479078, 0.877771, 0.001536), (0.877771, 0.47908, -0.001152), (-0.001747, 0.000796, -0.999998)102.47787, -60.87022, 67.26852
10given(0.560322, -0.828167, -0.013359), (-0.828229, -0.560387, 0.001473), (-0.008706, 0.010239, -0.99991)13.54718, -38.78634, 179.00858
11given(-0.840312, -0.542096, 0.002833), (0.542094, -0.840255, 0.010329), (-0.003219, 0.010215, 0.999943)31.47441, -59.05301, -21.12565
12given(-0.456109, -0.889903, 0.006022), (-0.889914, 0.456062, -0.007817), (0.00421, -0.008925, -0.999951)7.4901, 31.70189, 89.37845
13given(1), (1), (1)
14given(-0.019645, 0.999807, -0.0007), (0.999806, 0.019644, -0.001321), (-0.001307, -0.000726, -0.999999)70.8399, -69.28894, 157.20357
15given(-0.473911, 0.880571, 0.001472), (0.880565, 0.473914, -0.003235), (-0.003546, -0.000237, -0.999994)102.2022, -61.23952, 67.32434
16given(0.556811, -0.83058, -0.009904), (-0.830612, -0.55685, 0.001509), (-0.006768, 0.007386, -0.99995)13.08136, -38.69421, 178.92838
17given(-0.841444, -0.540314, 0.005735), (0.540344, -0.841388, 0.009708), (-0.00042, 0.011268, 0.999936)31.39306, -58.99569, -21.19791
18given(-0.453897, -0.891027, 0.006984), (-0.891054, 0.453885, -0.003381), (-0.000157, -0.007758, -0.99997)7.45662, 31.52553, 89.50753

-
要素

#1: タンパク質
Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-3TX / 4-[4-(quinolin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]phenol


分子量: 288.303 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12N4O
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7, 3% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 80508 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 13.157 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.664 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28048 4016 5 %RANDOM
Rwork0.2219 ---
obs0.22485 76047 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.847 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15219 0 400 236 15855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01915975
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.98621802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.763333847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76152034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.70824.182581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.941152344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3571561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02118167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0072.3918190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0072.3918189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73.58410206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.73.58410207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1072.5217785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1022.5187774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7593.74611579
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.1519.15417731
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.13819.15917712
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1648medium positional0.290.5
11D1648medium positional0.270.5
11G1648medium positional0.310.5
11J1648medium positional0.280.5
11M1648medium positional0.290.5
11P1648medium positional0.230.5
22B1634medium positional0.310.5
22E1634medium positional0.310.5
22H1634medium positional0.290.5
22K1634medium positional0.260.5
22N1634medium positional0.310.5
22Q1634medium positional0.250.5
33C1697medium positional0.310.5
33F1697medium positional0.270.5
33I1697medium positional0.320.5
33L1697medium positional0.310.5
33O1697medium positional0.250.5
33R1697medium positional0.280.5
11A1648medium thermal2.562
11D1648medium thermal2.142
11G1648medium thermal3.052
11J1648medium thermal4.992
11M1648medium thermal4.732
11P1648medium thermal3.22
22B1634medium thermal2.32
22E1634medium thermal2.882
22H1634medium thermal2.962
22K1634medium thermal4.082
22N1634medium thermal4.852
22Q1634medium thermal2.882
33C1697medium thermal3.142
33F1697medium thermal3.762
33I1697medium thermal2.562
33L1697medium thermal3.42
33O1697medium thermal4.452
33R1697medium thermal2.812
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 251 -
Rwork0.307 5605 -
obs--99.59 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る