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- PDB-4wqt: Thermus thermophilus RNA polymerase complexed with an RNA cleavag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wqt
タイトルThermus thermophilus RNA polymerase complexed with an RNA cleavage stimulating factor (a GreA/Gfh1 chimeric protein)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)
キーワードTRANSFERASE/TRANSCRIPTION / transcription / RNA cleavage / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription elongation / RNA polymerase binding / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...DNA-templated transcription elongation / RNA polymerase binding / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, GreA/GreB, conserved site / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain superfamily / Transcription elongation factor, N-terminal / Prokaryotic transcription elongation factors signature 2. / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal / Transcription elongation factor GreA/GreB family / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term / Transcription elongation factor GreA/GreB, C-terminal domain superfamily / : ...Transcription elongation factor, GreA/GreB, conserved site / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal / Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain superfamily / Transcription elongation factor, N-terminal / Prokaryotic transcription elongation factors signature 2. / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal / Transcription elongation factor GreA/GreB family / Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term / Transcription elongation factor GreA/GreB, C-terminal domain superfamily / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / Transcription inhibitor protein Gfh1 / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Murayama, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science 日本
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: The Ratcheted and Ratchetable Structural States of RNA Polymerase Underlie Multiple Transcriptional Functions.
著者: Sekine, S.I. / Murayama, Y. / Svetlov, V. / Nudler, E. / Yokoyama, S.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
K: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
O: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
X: RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)
Y: RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)
Z: RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,186,51424
ポリマ－1,186,24518
非ポリマー2696
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
X: RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,5058
ポリマ－395,4156
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
Y: RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,5058
ポリマ－395,4156
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
O: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
Z: RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,5058
ポリマ－395,4156
非ポリマー902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.568, 263.770, 195.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 15分子 ABFGKLCHMDINEJO

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 3分子 XYZ

#5: タンパク質 RNA cleavage stimulating factor (GreA/Gfh1 chimeric protein Gre-C1)


分子量: 17335.502 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJG6*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 6000, potassium chloride, magnesium chloride, HEPES-NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→50 Å / Num. obs: 104563 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 4.4→4.56 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.3位相決定
精密化解像度: 4.4→45.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 6361228.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 3149 3 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.26 104543 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 138.756 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 205.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.05 Å20 Å215.35 Å2
2--8.13 Å20 Å2
3----1.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.89 Å0.79 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a2.13 Å1.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数73363 0 6 0 73369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it15.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it23.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it19.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it28.972.5
LS精密化 シェル解像度: 4.4→4.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 488 3 %
Rwork0.433 15841 -
obs--90.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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