[日本語] English
万見
- PDB-4wqp: Crystal structure of RORc in complex with a benzyl sulfonamide in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wqp
タイトルCrystal structure of RORc in complex with a benzyl sulfonamide inverse agonist
要素
  • Nuclear receptor ROR-gamma
  • VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3SX / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Boenig, G. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Minor Structural Change to Tertiary Sulfonamide RORc Ligands Led to Opposite Mechanisms of Action.
著者: Rene, O. / Fauber, B.P. / de Leon Boenig, G. / Burton, B. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Gobbi, A. / Hymowitz, S.G. / Johnson, A.R. / Kiefer, J.R. / Liimatta, M. / Lockey, P. / Norman, M. ...著者: Rene, O. / Fauber, B.P. / de Leon Boenig, G. / Burton, B. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Gobbi, A. / Hymowitz, S.G. / Johnson, A.R. / Kiefer, J.R. / Liimatta, M. / Lockey, P. / Norman, M. / Ouyang, W. / Wallweber, H.A. / Wong, H.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 2.02023年12月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site_anisotrop / chem_comp_atom ...atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
P: VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4197
ポリマ－63,3403
非ポリマー1,0794
水4,522251
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3933
ポリマ－30,8541
非ポリマー5402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3933
ポリマ－30,8541
非ポリマー5402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
P: VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6331
ポリマ－1,6331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Nuclear receptor ROR-gamma
P: VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE
ヘテロ分子

B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4197
ポリマ－63,3403
非ポリマー1,0794
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z+1/21
Buried area2940 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.735, 99.735, 129.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 30853.502 Da / 分子数: 2 / 断片: ROR-gamma ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド VAL-GLU-ARG-LEU-GLN-ILE-PHE-GLN-HIS-LEU-HIS-PRO-ILE


分子量: 1632.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Probable cleaved section of nuclear receptor ROR-gamma
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Nuclear receptor ROR-gamma / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-3SX / N-[4-(4-acetylpiperazin-1-yl)benzyl]-N-(2-methylpropyl)-1-phenylmethanesulfonamide


分子量: 443.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H33N3O3S
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM NaCl, 4 % Glycerol, 5 mM DTT
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.743
11K, H, -L20.257
反射解像度: 1.986→40.972 Å / Num. all: 383298 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.986→1.993 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1.99→40.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.464 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18005 2561 5.1 %RANDOM
Rwork0.14951 ---
obs0.15106 47215 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.512 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.15 Å20 Å20 Å2
2--7.15 Å20 Å2
3----14.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3832 0 72 251 4155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0441.975467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.875489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.02323.085201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74715746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8631535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6023.5191893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3647.8292367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8824.7162153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.18211.346360
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.986→2.027 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 150 -
Rwork0.182 2765 -
obs--98.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4267-0.3950.7131.1475-0.40731.4982-0.02510.1149-0.0431-0.0763-0.01660.0236-0.00030.00540.04170.0756-0.0196-0.0230.02790.01960.08517.9737-32.58620.4404
21.00210.7690.23913.49021.16431.42350.0102-0.04460.02510.0089-0.0256-0.10280.02220.10250.01540.00150.00810.0040.0893-0.02810.082823.0756-29.4947-34.4493
312.4284-5.25691.36726.31282.83143.19620.0433-0.0833-0.3834-0.12430.0534-0.1093-0.19380.2016-0.09680.2755-0.0508-0.0410.28460.10130.257724.4044-36.223-17.3107
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A265 - 498
2X-RAY DIFFRACTION2B266 - 486
3X-RAY DIFFRACTION3P480 - 492

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る