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- PDB-4wql: Crystal structure of aminoglycoside nucleotidylyltransferase ANT(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wql
タイトルCrystal structure of aminoglycoside nucleotidylyltransferase ANT(2")-Ia, kanamycin-bound
要素2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / antibiotic resistance / aminoglycosides / kanamycin / nucleotidylyltransferase / adenylyltransferase / nucleotidyltransferase fold / alpha/beta protein / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gentamicin 2''-nucleotidyltransferase / aminoglycoside 2''-nucleotidyltransferase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #40 / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / KANAMYCIN A / 2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Cox, G. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Wright, G.D. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canada Foundation for Innovation26332 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MT-13536 カナダ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2015
タイトル: Structural and Molecular Basis for Resistance to Aminoglycoside Antibiotics by the Adenylyltransferase ANT(2)-Ia.
著者: Cox, G. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Other
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32017年2月22日Group: Structure summary
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,21214
ポリマ－19,9501
非ポリマー1,26213
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.460, 42.010, 47.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2''-aminoglycoside nucleotidyltransferase / AAD(2'') / Gentamicin 2''-nucleotidyltransferase / Gentamicin resistance protein


分子量: 19950.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: aadB / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P0AE05, gentamicin 2''-nucleotidyltransferase

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非ポリマー , 5種, 249分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-KAN / KANAMYCIN A / カナマイシン


分子量: 484.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 60 mg/mL protein, 10% 2-propanol, 20% PEG 4K, 0.1 M HEPES pH 7.5, 15 mM kanamycin B (5:1 molar ratio kanamycin B:protein)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.548 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→25 Å / Num. obs: 35472 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 19.44 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apoprotein

解像度: 1.73→23.463 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1784 5.04 %Random selection
Rwork0.1477 ---
obs0.1495 35415 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→23.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1385 0 83 236 1704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6682055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.553555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.77680.33071390.2842553X-RAY DIFFRACTION97
1.7768-1.8290.28181470.242556X-RAY DIFFRACTION99
1.829-1.8880.2641270.20342574X-RAY DIFFRACTION99
1.888-1.95550.21741400.17492546X-RAY DIFFRACTION99
1.9555-2.03370.20541420.17712574X-RAY DIFFRACTION99
2.0337-2.12620.19071300.15252638X-RAY DIFFRACTION100
2.1262-2.23830.22381410.14312569X-RAY DIFFRACTION100
2.2383-2.37840.17331320.14282637X-RAY DIFFRACTION100
2.3784-2.56180.25771220.14272602X-RAY DIFFRACTION100
2.5618-2.81920.1571390.13812629X-RAY DIFFRACTION100
2.8192-3.22630.13561380.13172574X-RAY DIFFRACTION100
3.2263-4.06130.17571410.11322595X-RAY DIFFRACTION100
4.0613-23.4650.14081460.14362584X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2890.9401-0.54514.3008-0.52722.55490.0330.02130.122-0.0673-0.01040.1597-0.0637-0.0773-0.03430.07530.0063-0.00140.1068-0.01170.09168.35593.026916.6624
26.5487-2.261-2.85244.39755.25977.04330.04430.2451-0.2057-0.2908-0.31080.6448-0.2041-0.57590.35390.18040.0032-0.01040.2187-0.01750.2459-3.3963-1.567613.7772
30.2891-0.0394-0.0791.8720.38091.72250.01040.00140.0048-0.0444-0.03640.02340.07890.01850.02820.10740.00520.01110.12420.00350.129214.7806-3.059310.1776
45.3018-0.38141.55494.22225.58888.33810.23960.2325-0.3151-0.4976-0.19690.52240.028-0.73190.00770.26410.0013-0.04860.22070.02210.22829.07835.9294-6.2374
54.8362.0343-0.64282.9151.84212.6859-0.09590.1702-0.1507-0.58190.1367-0.3405-0.18990.1202-0.04870.1640.02040.01220.15920.02490.087821.0112-1.8428-4.3733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:61)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 62:82)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 83:136)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 137:152)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 153:177)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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