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万見
- PDB-4wpm: Structure of the Chaetomium thermophilum Mex67:Mtr2 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wpm
タイトルStructure of the Chaetomium thermophilum Mex67:Mtr2 Complex
要素mRNA export protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / mRNA nuclear export
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote ...Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA export factor MEX67
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Aibara, S. / Valkov, E. / Stewart, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of the principal mRNA-export factor Mex67-Mtr2 from Chaetomium thermophilum.
著者: Aibara, S. / Valkov, E. / Lamers, M.H. / Dimitrova, L. / Hurt, E. / Stewart, M.
履歴
登録2014年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA export protein
B: mRNA export protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1795
ポリマ－26,8902
非ポリマー2883
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.731, 29.796, 52.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 mRNA export protein


分子量: 13445.239 Da / 分子数: 2 / 断片: RRM domain, UNP residues 93-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0059630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SET4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: see publication for details

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40.7 Å / Num. obs: 7066 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 5.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→40.679 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 323 4.58 %
Rwork0.2286 --
obs0.2294 7056 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1321 0 15 53 1389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6771820
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.044512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-3.02370.28471590.28053320X-RAY DIFFRACTION99
3.0237-40.68460.2291640.20343413X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03330.0395-0.03120.0441-0.03640.02770.0286-0.146-0.09110.0486-0.0705-0.0056-0.1341-0.0206-0.00380.15810.00740.00170.13690.04220.179625.8673-2.037316.2746
20.00920.0120.01490.05380.01530.02410.0035-0.0201-0.0094-0.01410.0218-0.07680.01650.01870.01590.10960.0238-0.0270.0695-0.0480.112635.1802-5.35619.263
30.1699-0.0297-0.0760.00540.01180.03520.0974-0.08310.0114-0.183-0.1021-0.11480.01490.05850.04240.12330.02190.07770.11210.03060.08830.94644.16679.8652
40.3822-0.1676-0.22810.19070.15850.17070.08890.10760.0187-0.03920.024-0.09750.0064-0.09760.14910.1677-0.0121-0.04010.0454-0.01290.053324.80242.668710.0348
50.10490.1141-0.12290.2417-0.09540.15370.0932-0.00920.06440.09370.03550.0230.0033-0.00140.06820.08580.0382-0.00430.1892-0.01120.23787.356711.647825.9834
60.0018-0.00390.00310.009-0.0080.00620.01060.04730.0336-0.02-0.01710.0222-0.0113-0.00230.01320.05250.0784-0.07480.1574-0.01370.16365.508316.896918.252
70.0038-0.0044-0.00150.01030.00590.0033-0.0739-0.0322-0.01050.1241-0.030.04740.0597-0.0605-0.00010.4828-0.1318-0.1330.36960.04740.33834.092411.981612.1337
80.0229-0.00640.01960.0704-0.030.0413-0.0977-0.0871-0.0326-0.0594-0.09550.01870.009-0.024-0.04960.1179-0.01880.01380.1192-0.0240.117710.58888.927519.6393
90.0351-0.00570.09190.0894-0.12030.3704-0.0450.0056-0.05020.007-0.0341-0.0103-0.02320.0913-0.01060.115-0.07290.10520.04240.01540.246510.23330.3522.7885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 98 through 118 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 137 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 161 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 162 through 182 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 97 through 118 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 119 through 129 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 130 through 139 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 140 through 171 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 172 through 181 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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