PDB-3kzx: Crystal structure of a Had-superfamily hydrolase from Ehrlichia c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kzx

タイトル

Crystal structure of a Had-superfamily hydrolase from Ehrlichia chaffeensis at 1.9A resolution

要素

HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / EMERALD BIOSTRUCTURES / EHRLICHIA CHAFFEENSIS / HAD-SUPERFAMILY HYDROLASE / ALS collaborative crystallography / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoglycolate phosphatase / phosphoglycolate phosphatase activity / DNA repair
類似検索 - 分子機能

生物種

Ehrlichia chaffeensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Had-superfamily hydrolase from Ehrlichia chaffeensis at 1.9A resolution
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Sankaran, B. / Staker, B.

履歴

登録	2009年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kzx.cif.gz	59.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kzx.ent.gz	42.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kzx_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kzx_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	3kzx_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	3kzx_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d6jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3b02-d 1t97-2 3fms-d 1vc1-d 1iiw-d 2go7-4 3i76-1 3sd7-d 2b0c-d 6jhk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EhchA.01190.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.900, 63.810, 120.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 分子量: 26101.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ehrlichia chaffeensis (バクテリア) 株: Arkansas / 遺伝子: ECH_0332 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GHD1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: HR INDEX SCREEN C6: 100MM BISTRIS PH 6.5, 1.5M AMMONIUM SULPHATE, 100MM NACL; EHCHA.01190.A AT 27MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 21383 / Num. obs: 21206 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.54
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1531 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3d6j modified with CCP4 program CHAINSAW and trimmed to conserved domain

3d6j

解像度: 1.9→33.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.898 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	1087	5.1 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
all	0.174	21383	-	-
obs	0.174	21161	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1594	0	5	191	1790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.969	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.084	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.908	25.753	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.907	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.847	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.842	1.5	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.241	1.5	419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.523	2	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.427	3	624
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.795	4.5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	70	-
R_work	0.242	1446	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5188	-0.1673	-0.7878	4.7755	3.4957	3.0404	0.2034	0.0114	0.0357	-0.4533	-0.5684	0.5316	-0.4714	-0.4018	0.365	0.1572	0.1217	-0.0745	0.1873	-0.1122	0.1151	8.106	61.69	20.242
2	1.1136	0.1777	0.2738	1.2436	0.5613	2.5883	0.0108	-0.0845	-0.0887	-0.0737	0.0081	-0.0647	-0.0475	0.0119	-0.0189	0.0143	0.0051	0.013	0.0571	0.0133	0.0375	22.125	41.855	14.034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	82 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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