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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wpg | ||||||
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タイトル | Group A Streptococcus GacA is an essential dTDP-4-dehydrorhamnose reductase (RmlD) | ||||||
![]() | dTDP-4-dehydrorhamnose reductase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | van der Beek, S.L. / Le Breton, Y. / Ferenbach, A.T. / van Aalten, D.M.F. / Navratilova, I. / McIver, K. / van Sorge, N.M. / Dorfmueller, H.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: GacA is essential for Group A Streptococcus and defines a new class of monomeric dTDP-4-dehydrorhamnose reductases (RmlD). 著者: van der Beek, S.L. / Le Breton, Y. / Ferenbach, A.T. / Chapman, R.N. / van Aalten, D.M. / Navratilova, I. / Boons, G.J. / McIver, K.S. / van Sorge, N.M. / Dorfmueller, H.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 251.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 32535.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GacA / プラスミド: pGEXHIS6 / 詳細 (発現宿主): His6GST / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: T0BV37, UniProt: Q9A0G6*PLUS, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MPD / (![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-MRD / (![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 % / 解説: bar |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M of each carboxylic acid (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 0.2 M ...詳細: PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M of each carboxylic acid (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 0.2 M sodium oxamate) and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.1→43.8 Å / Num. obs: 108172 / % possible obs: 94.03 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 85.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.1→43.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.031 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.021 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.1→43.77 Å
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拘束条件 |
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