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- PDB-4wpg: Group A Streptococcus GacA is an essential dTDP-4-dehydrorhamnose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wpg
タイトルGroup A Streptococcus GacA is an essential dTDP-4-dehydrorhamnose reductase (RmlD)
要素dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / RmlD / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / : / dTDP-rhamnose biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者van der Beek, S.L. / Le Breton, Y. / Ferenbach, A.T. / van Aalten, D.M.F. / Navratilova, I. / McIver, K. / van Sorge, N.M. / Dorfmueller, H.C.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: GacA is essential for Group A Streptococcus and defines a new class of monomeric dTDP-4-dehydrorhamnose reductases (RmlD).
著者: van der Beek, S.L. / Le Breton, Y. / Ferenbach, A.T. / Chapman, R.N. / van Aalten, D.M. / Navratilova, I. / Boons, G.J. / McIver, K.S. / van Sorge, N.M. / Dorfmueller, H.C.
履歴
登録2014年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8674
ポリマ－32,5361
非ポリマー3313
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.482, 45.977, 48.867
Angle α, β, γ (deg.)66.30, 81.21, 95.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 dTDP-4-dehydrorhamnose reductase


分子量: 32535.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: GacA / プラスミド: pGEXHIS6 / 詳細 (発現宿主): His6GST / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: T0BV37, UniProt: Q9A0G6*PLUS, dTDP-4-dehydrorhamnose reductase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 % / 解説: bar
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M of each carboxylic acid (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 0.2 M ...詳細: PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M of each carboxylic acid (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium L-tartrate, 0.2 M sodium oxamate) and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.89 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→43.8 Å / Num. obs: 108172 / % possible obs: 94.03 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.1→43.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.031 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15494 5445 5 %RANDOM
Rwork0.1289 ---
obs0.1302 102724 94.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.021 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20.29 Å2-0.07 Å2
2--0.59 Å2-0.51 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 21 468 2757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0731.9473263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.52935064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9215298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63824.957117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.41515381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0871510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2750.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4790.781177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4460.7781176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7131.1751480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.741.1771481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9840.9751214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.980.971211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2741.3951778
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.3649.25511312
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.2278.20510704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.22234595
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.602525
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.64754982
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 385 -
Rwork0.202 6940 -
obs--85.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.6884 Å / Origin y: -0.7174 Å / Origin z: 0.3707 Å
111213212223313233
T0.0207 Å2-0.0046 Å2-0.0079 Å2-0.012 Å20.0062 Å2--0.0229 Å2
L0.519 °20.027 °2-0.0111 °2-1.2158 °2-0.5609 °2--1.6379 °2
S0.0625 Å °-0.0613 Å °0.0027 Å °0.0097 Å °-0.002 Å °-0.0512 Å °0.1305 Å °0.0273 Å °-0.0605 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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