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万見
- PDB-4fgb: Crystal structure of human calcium/calmodulin-dependent protein k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fgb
タイトルCrystal structure of human calcium/calmodulin-dependent protein kinase I apo form
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1
キーワードTRANSFERASE / CaMK / calmodulin / autoinhibition / regulation mechanism / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / regulation of protein binding / positive regulation of synapse structural plasticity / regulation of muscle cell differentiation / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / nucleocytoplasmic transport / positive regulation of dendritic spine development / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of muscle cell differentiation ...positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / regulation of protein binding / positive regulation of synapse structural plasticity / regulation of muscle cell differentiation / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / nucleocytoplasmic transport / positive regulation of dendritic spine development / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of muscle cell differentiation / regulation of synapse organization / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein binding / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of neuron projection development / nervous system development / regulation of protein localization / cell differentiation / calmodulin binding / postsynaptic density / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zha, M. / Zhong, C. / Ou, Y. / Wang, J. / Han, L. / Ding, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of human CaMKIalpha reveal insights into the regulation mechanism of CaMKI.
著者: Zha, M. / Zhong, C. / Ou, Y. / Han, L. / Wang, J. / Ding, J.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4251
ポリマ－36,4251
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.046, 67.700, 56.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1 / CaM kinase I / CaM-KI / CaM kinase I alpha / CaMKI-alpha


分子量: 36424.559 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK1 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q14012, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 100 mM bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→55.05 Å / Num. all: 9256 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FG7

4fg7


解像度: 2.6→55.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 30.377 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.422 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2994 470 5.1 %RANDOM
Rwork0.2479 ---
obs0.2505 9219 88.21 %-
all-9256 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.18 Å2 / Biso mean: 32.7233 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.55 Å20 Å20.77 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3----3.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→55.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 0 58 2284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0561.9613087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4435280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96724.808104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.40715388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.978158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4981.51405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79222254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6523873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3884.5833
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.1132278
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 41 -
Rwork0.261 713 -
all-754 -
obs--97.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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