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- PDB-4wnq: THE MOLECULAR BASES OF DELTA/ALPHA-BETA T-CELL MEDIATED ANTIGEN R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wnq
タイトルTHE MOLECULAR BASES OF DELTA/ALPHA-BETA T-CELL MEDIATED ANTIGEN RECOGNITION
要素
  • TCR Variable Beta 2 (TRBV20) chain and TCR constant Beta chain
  • TCR Variable Delta 1 chain and TCR constant Alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunity
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pellicci, D.G. / Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Ross, F. / Chabrol, E. / Eckle, S.B.G. / de Boer, R. / Lim, R.T. / McPherson, K. / Besra, G. ...Pellicci, D.G. / Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Ross, F. / Chabrol, E. / Eckle, S.B.G. / de Boer, R. / Lim, R.T. / McPherson, K. / Besra, G. / Howell, A.R. / Moretta, L. / McCluskey, J. / Heemskerk, M.H.M. / Gras, S. / Rossjohn, J. / Godfrey, D.I.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2014
タイトル: The molecular bases of delta / alpha beta T cell-mediated antigen recognition.
著者: Pellicci, D.G. / Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Ross, F. / Chabrol, E. / Eckle, S.B. / de Boer, R. / Lim, R.T. / McPherson, K. / Besra, G. / Howell, A.R. / Moretta, L. / McCluskey, J. / ...著者: Pellicci, D.G. / Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Ross, F. / Chabrol, E. / Eckle, S.B. / de Boer, R. / Lim, R.T. / McPherson, K. / Besra, G. / Howell, A.R. / Moretta, L. / McCluskey, J. / Heemskerk, M.H. / Gras, S. / Rossjohn, J. / Godfrey, D.I.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TCR Variable Delta 1 chain and TCR constant Alpha chain
B: TCR Variable Beta 2 (TRBV20) chain and TCR constant Beta chain
C: TCR Variable Delta 1 chain and TCR constant Alpha chain
D: TCR Variable Beta 2 (TRBV20) chain and TCR constant Beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0514
ポリマ－101,0514
非ポリマー00
水9,818545
1
A: TCR Variable Delta 1 chain and TCR constant Alpha chain
B: TCR Variable Beta 2 (TRBV20) chain and TCR constant Beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5262
ポリマ－50,5262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
2
C: TCR Variable Delta 1 chain and TCR constant Alpha chain
D: TCR Variable Beta 2 (TRBV20) chain and TCR constant Beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5262
ポリマ－50,5262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.257, 47.235, 109.290
Angle α, β, γ (deg.)88.32, 79.78, 89.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 TCR Variable Delta 1 chain and TCR constant Alpha chain


分子量: 23186.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 TCR Variable Beta 2 (TRBV20) chain and TCR constant Beta chain


分子量: 27339.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 27% PEG 1500, 0.1M Sodium Malonate-Imidazole-Borate (2:3:3 molar ratio)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→53.75 Å / Num. obs: 69885 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20.81 Å2 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→47.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.136
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3537 5.06 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 69881 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6374 Å2-2.1036 Å20.7093 Å2
2--2.3248 Å2-0.6176 Å2
3----3.9621 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.221 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6951 0 0 545 7496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017219HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.089841HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3338SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes181HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1063HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7219HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion953SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8448SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 252 5.01 %
Rwork0.2199 4778 -
all0.2212 5030 -
obs--97.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68390.0752-0.04131.0595-0.470.43610.02660.0094-0.0032-0.1051-0.05440.00780.0340.05430.0278-0.05480.00710.0204-0.0023-0.0136-0.0653175.732-223.55381.6069
20.48940.1334-0.1570.5837-0.33030.6994-0.0360.014-0.0186-0.15590.04870.01980.0702-0.0044-0.0127-0.0346-0.00620.0014-0.0162-0.0209-0.0859160.2262-224.27-9.5604
30.4954-0.0702-0.07341.10420.49830.52220.0387-0.0024-0.0350.1214-0.0861-0.00760.0558-0.03410.0474-0.0544-0.04190.02080.00210.0165-0.07156.8493-199.85843.2285
40.5028-0.2013-0.24230.52730.50590.89880.0013-0.00750.00280.12390.0057-0.03390.0752-0.0115-0.007-0.0178-0.0530.0047-0.01330.0169-0.0863172.3439-200.624254.4052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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