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万見
- PDB-4wmh: Structure of heme oxygenase-2 containing residues 1-288 lacking t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wmh
タイトルStructure of heme oxygenase-2 containing residues 1-288 lacking the membrane spanning region
要素Heme oxygenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / HO2 / Heme oxygenase / Oxygenase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress ...heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress / response to hypoxia / heme binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Li, Y. / Ragsdale, S.W. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL102662-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of heme oxygenase-2 containing residues 1-288 lacking the membrane spanning region
著者: Bianchetti, C.M. / Li, Y. / Ragsdale, S.W. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2014年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations / Other
改定 2.02017年9月27日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site_anisotrop / entity_src_gen ...atom_site_anisotrop / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 2.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3102
ポリマ－24,2751
非ポリマー351
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.690, 35.690, 366.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 2 / HO-2


分子量: 24274.520 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX2, HO2 / プラスミド: PGEX 4T-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P30519, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 1.5K and 100mM BTP pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→91.68 Å / Num. obs: 8270 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 25.3 % / Net I/σ(I): 17.36

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QPP

2qpp


解像度: 2.5→91.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 33.904 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2699 936 10.2 %RANDOM
Rwork0.2261 8270 --
obs0.2308 8270 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.52 Å2 / Biso mean: 52.899 Å2 / Biso min: 38.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.74 Å2-0 Å2
3----3.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→91.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1708 0 1 6 1715
Biso mean--91.52 58.74 -
残基数----207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.9572357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7333832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9755208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28424.84597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3315328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.341510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4755.185829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4755.183828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3997.7751035
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 71 -
Rwork0.344 604 -
all-675 -
obs--99.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.191 Å / Origin y: -16.322 Å / Origin z: -26.112 Å
111213212223313233
T0.0484 Å20.0287 Å2-0.0225 Å2-0.3049 Å2-0.0988 Å2--0.0568 Å2
L1.2646 °20.0225 °2-0.8212 °2-1.4697 °2-1.814 °2--8.4142 °2
S0.0819 Å °-0.1329 Å °-0.0229 Å °0.0037 Å °0.0191 Å °0.1599 Å °0.1941 Å °-0.246 Å °-0.101 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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