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- PDB-4wmc: OXA-48 covalent complex with Avibactam inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wmc
タイトルOXA-48 covalent complex with Avibactam inhibitor
要素(Beta-lactamase) x 2
キーワードHYDROLASE / OXA-48 / Class D carbapenemase / Avibactam / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON DIOXIDE / Chem-NXL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mangani, S. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Molecular Basis of Selective Inhibition and Slow Reversibility of Avibactam against Class D Carbapenemases: A Structure-Guided Study of OXA-24 and OXA-48.
著者: Lahiri, S.D. / Mangani, S. / Jahic, H. / Benvenuti, M. / Durand-Reville, T.F. / De Luca, F. / Ehmann, D.E. / Rossolini, G.M. / Alm, R.A. / Docquier, J.D.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 2.02021年8月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
E: Beta-lactamase
F: Beta-lactamase
G: Beta-lactamase
H: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,79419
ポリマ－224,5248
非ポリマー2,27011
水4,612256
1
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6885
ポリマ－56,1102
非ポリマー5793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Beta-lactamase
F: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7326
ポリマ－56,1102
非ポリマー6234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Beta-lactamase
E: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7304
ポリマ－56,1962
非ポリマー5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Beta-lactamase
H: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6444
ポリマ－56,1102
非ポリマー5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.886, 165.465, 108.524
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28054.768 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 24-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28097.770 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#3: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 10% PEG8000, 5-8% 1-butanol, 10 mg/mL OXA-48, and 3 mg/mL avibactam

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9834 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9834 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→65.8 Å / Num. obs: 99733 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 12691 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr


解像度: 2.3→63.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 8.172 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 4546 5 %RANDOM
Rwork0.2105 85927 --
obs0.2136 85927 90.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90 Å2 / Biso mean: 28.71 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.01 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→63.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15281 0 145 256 15682
Biso mean--37.47 20.72 -
残基数----1873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01915807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.92521398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05851852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70524.461807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.928152706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5441590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.22272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1572.817471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3894.1979302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3812.9468336
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 312 -
Rwork0.235 5821 -
all-6133 -
obs--83.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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