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- PDB-4wls: Crystal structure of the metal-free (repressor) form of E. Coli C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wls
タイトルCrystal structure of the metal-free (repressor) form of E. Coli CUER, a copper efflux regulator, bound to COPA promoter DNA
要素
  • (COPA PROMOTER DNA NON-TEMPLATE ...) x 2
  • (COPA PROMOTER DNA TEMPLATE ...) x 2
  • HTH-type transcriptional regulator CueR
キーワードTranscription Regulator/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / MERR-FAMILY TRANSCRIPTION REGULATOR / METAL-FREE FORM / REPRESSOR / TRANSCRIPTION / Transcription Regulator-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / copper ion binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cu(I)-responsive transcriptional regulator / MerR, DNA binding / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. ...Cu(I)-responsive transcriptional regulator / MerR, DNA binding / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator CueR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Philips, S.J. / Canalizo-Hernandez, M. / Mondragon, A. / O'Halloran, T.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM038784-26 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Allosteric transcriptional regulation via changes in the overall topology of the core promoter.
著者: Philips, S.J. / Canalizo-Hernandez, M. / Yildirim, I. / Schatz, G.C. / Mondragon, A. / O'Halloran, T.V.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator CueR
B: HTH-type transcriptional regulator CueR
X: COPA PROMOTER DNA NON-TEMPLATE STRAND
Y: COPA PROMOTER DNA TEMPLATE STRAND
U: COPA PROMOTER DNA TEMPLATE STRAND (ALTERNATE CONFORMATION)
V: COPA PROMOTER DNA NON-TEMPLATE STRAND (ALTERNATE CONFORMATION)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1446
ポリマ－61,1446
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.194, 63.653, 130.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Chain U and V are alternate conformation of chain Y and X.

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要素

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COPA PROMOTER DNA NON-TEMPLATE ... , 2種, 2分子 XV

#2: DNA鎖 COPA PROMOTER DNA NON-TEMPLATE STRAND


分子量: 7945.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 COPA PROMOTER DNA NON-TEMPLATE STRAND (ALTERNATE CONFORMATION)


分子量: 7936.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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COPA PROMOTER DNA TEMPLATE ... , 2種, 2分子 YU

#3: DNA鎖 COPA PROMOTER DNA TEMPLATE STRAND


分子量: 8030.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 COPA PROMOTER DNA TEMPLATE STRAND (ALTERNATE CONFORMATION)


分子量: 8039.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 25分子 AB

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator CueR / Copper efflux regulator / Copper export regulator


分子量: 14596.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
株: DH5alpha / 断片: RESIDUES 1-128 / 遺伝子: cueR, ybbI, b0487, JW0476 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A9G4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The crystallized DNA contains a pseudo-palyndromic region and has the following sequence: 5'- ...The crystallized DNA contains a pseudo-palyndromic region and has the following sequence: 5'- TGACCTTCCCCTTGCTGGAAGGTTTA -3', 3'- ACTGGAAGGGGAACGACCTTCCAAAT -5'. The two conformation A and B result from the alternate DNA conformations observed in the crystals. The pseudo-palyndrome sequence is ACCTTCC:GGAAGGT. Two orientations of the DNA were observed in the crystal. Chain X and Y in conformer A represent the the original sequences of the pseudo-palyndrome. Chain U and V in conformer B represent the alternate DNA conformation. We showed this to be the fact by using Bromine-subsituted bases in the top strand only. The results of which showed Br density peaks in both strands, leading to the alternate conformation of several bases. The refinements were performed, with Phenix, with both alternates present. the pseudo-palindrome in the sequence is: 5'-nnACCTTCCnnnnnnnGGAAGGTnnn-3', 3'-nnTGGAAGGnnnnnnnCCTTCCAnnn-5'. The Bromine peaks (seen on both strands, even though only the top strand, chain X, had Bromines) guided us on how to build the alternate chain which is: U: 5'-AAACCTTCCAGCAAGGGGAAGGTCA-3', V: 3'-TTTGGAAGGTCGTTCCCCTTCCAGT-5'.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M HEPES, PH 7.5, 0.1M CACL2 AND 16% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP TEMPERATURE 295K
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→52.19 Å / Num. obs: 25034 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: XXXX

解像度: 2.105→45.513 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 1275 5.1 %
Rwork0.2115 --
obs0.2142 24991 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.105→45.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1794 2120 0 23 3937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0875133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.6731487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005408
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1053-2.18960.31881440.26822594X-RAY DIFFRACTION97
2.1896-2.28920.29531280.26432662X-RAY DIFFRACTION98
2.2892-2.40990.3241510.25072620X-RAY DIFFRACTION98
2.4099-2.56090.33371460.25772611X-RAY DIFFRACTION97
2.5609-2.75860.30471530.25352622X-RAY DIFFRACTION97
2.7586-3.03620.29551440.2482629X-RAY DIFFRACTION97
3.0362-3.47540.25751230.22062647X-RAY DIFFRACTION96
3.4754-4.37810.24231470.17772640X-RAY DIFFRACTION95
4.3781-45.52390.21281390.17542691X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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