PDB-4wl7: Room-temperature crystal structure of lysozyme determined by seri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wl7

タイトル

Room-temperature crystal structure of lysozyme determined by serial synchrotron crystallography using a micro focused beam (Conventional resolution cut-off)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / serial crystallography / crystFEL / Nanopeakcell / nano focused beam / raster scanning silicone nitride

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Kapp, U. / Shilova, A. / Weinhausen, B. / Burghammer, M. / Colletier, J.P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Raster-scanning serial protein crystallography using micro- and nano-focused synchrotron beams.
著者: Coquelle, N. / Brewster, A.S. / Kapp, U. / Shilova, A. / Weinhausen, B. / Burghammer, M. / Colletier, J.P.

履歴

登録	2014年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.3	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wl7.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wl7.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wg1C 4wg7C 4wl6C 1ljnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gcf-d 6abz-d 4g49-d 1wtm-d 6ad5-d 4wg1-d 1bhz-d 7byo-d 4dc4-2 6g5c-d 4ny5-d 3atn-d 1ior-d 6a4n-d 6mqv-d 1wtn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.940, 77.940, 38.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-322- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 50mM Sodium acetate pH 4.5, 16% PEG 4K, 3.5M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→55.11 Å / Num. obs: 9054 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 159.3 % / Net I/σ(I): 4.47
反射シェル	解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 70.3 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PHASER		位相決定
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ljn

1ljn

解像度: 1.95→38.97 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 33.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	453	5.01 %
R_work	0.2137	-	-
obs	0.2164	9043	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	1	78	1080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.406	389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9502-2.2323	0.331	147	0.2418	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2323-2.8124	0.2922	148	0.2549	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8124-38.9778	0.2431	158	0.1952	2980	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1975	-0.0858	-0.1782	0.1459	0.3315	0.7243	-0.0138	-0.1185	-0.2854	0.5698	-0.3473	0.2177	0.0863	-0.7511	-0.0455	0.3535	0.0641	0.0431	0.3427	0.0181	0.317	15.6208	-6.4262	28.537
2	0.5976	-0.2904	-0.2006	0.1183	0.1158	0.5338	-0.1436	0.1077	-0.1798	-0.0368	-0.1251	0.0488	0.247	-0.0764	-0.0002	0.3067	0.0316	0.0288	0.2964	0.0058	0.3231	24.4064	-6.7447	21.0059
3	0.0186	0.0391	-0.0284	0.1809	-0.0929	0.0158	-0.1655	0.2754	0.1051	0.0408	0.273	-0.1914	-0.1865	-0.2868	0.0004	0.3473	0.0782	0.0525	0.355	0.0422	0.3873	17.8748	9.9782	19.8423
4	0.0663	0.1698	0.0067	0.4792	0.1365	0.3159	0.203	-0.0093	0.2294	-0.5153	-0.0748	0.0063	-0.3638	0.0925	0.0053	0.376	0.0672	0.0336	0.3363	0.0498	0.301	16.4567	6.8422	12.2163
5	0.0627	-0.1144	-0.057	0.324	0.0209	0.109	0.1319	0.959	0.1124	-0.5431	-0.5697	0.7979	-0.1637	0.5185	-0.0176	0.5264	0.1156	-0.0121	0.5362	0.0929	0.3963	13.9702	4.5993	5.0824
6	0.3092	-0.2666	0.2351	0.2262	-0.2415	0.1509	-0.0369	0.4055	0.4017	-0.3233	0.0609	-0.0278	0.1152	-0.1174	-0.0002	0.3912	-0.0172	0.0084	0.3836	-0.0168	0.3681	17.7964	-2.3075	14.6546
7	1.3552	-0.4059	0.7491	0.2844	-0.1565	0.4495	0.2446	0.7364	0.5959	-0.4114	-0.1256	0.4449	-0.1861	0.2217	0.0211	0.3587	0	-0.0277	0.3092	0.0072	0.38	31.2294	3.0238	20.1799
8	0.5893	0.3996	-0.362	0.8147	-0.1839	0.5488	-0.3869	0.0078	-0.8286	0.0479	0.1027	-0.7327	0.4552	-0.0733	-0.0356	0.3896	0.1271	0.0091	0.4334	0.0705	0.4817	28.1893	-8.8836	30.5181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 50 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 51 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 79 through 108 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 109 through 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 115 through 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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