+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wjw | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Chs5-Chs6 Exomer Cargo Adaptor Complex Bound to portion of Chs3 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | transport protein/transferase / Adaptor protein / cargo binding / vesicular trafficking / chitin synthase / Biosynthetic Protein / transport protein-transferase complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / exomer complex / protein localization to bud neck / : / conjugation with cellular fusion / chitosome / chitin synthase / chitin synthase activity / prospore membrane / cellular bud site selection ...: / exomer complex / protein localization to bud neck / : / conjugation with cellular fusion / chitosome / chitin synthase / chitin synthase activity / prospore membrane / cellular bud site selection / ascospore wall assembly / incipient cellular bud site / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / cell septum / mating projection tip / cell periphery / trans-Golgi network / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / protein transport / membrane => GO:0016020 / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Weiskoff, A.M. / Fromme, J.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Distinct N-terminal regions of the exomer secretory vesicle cargo Chs3 regulate its trafficking itinerary. 著者: Weiskoff, A.M. / Fromme, J.C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 318.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 259 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4gns S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8653.009 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-77 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CHS5, CAL3, YLR330W, L8543.18 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 87977.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CHS6, CSD3, YJL099W, J0838 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2348.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.3 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M CITRIC ACID / PH範囲: 4.0-4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9767 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→44.65 Å / Num. obs: 59936 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.2 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 19.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.683 Å / % possible all: 99 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4GNS ![]() 4gns 解像度: 2.59→44.65 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→44.65 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|