PDB-4wiw: Crystal structure of C-terminal domain of putative chitinase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wiw

タイトル

Crystal structure of C-terminal domain of putative chitinase from Desulfitobacterium hafniense DCB-2

要素

Glycoside hydrolase family 18

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / glycoside hydrolase family 18

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.637 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of C-terminal domain of putative chitinase from Desulfitobacterium hafniense DCB-2
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wiw.cif.gz	828.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wiw.ent.gz	695.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wiw_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wiw_full_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示
XML形式データ	4wiw_validation.xml.gz	71.7 KB	表示
CIF形式データ	4wiw_validation.cif.gz	98.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wiw	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6c3i-1 6vhx-1 2cnc-d 4rnv-4 1ewy-2 1pxg-d 3log-1 6ica-2 2g5f-4 3x21-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC113146

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC113146

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 18

B: Glycoside hydrolase family 18

C: Glycoside hydrolase family 18

D: Glycoside hydrolase family 18

E: Glycoside hydrolase family 18

F: Glycoside hydrolase family 18

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glycoside hydrolase family 18

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
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2

B: Glycoside hydrolase family 18

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3

C: Glycoside hydrolase family 18

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4

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5

E: Glycoside hydrolase family 18

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6

F: Glycoside hydrolase family 18

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.933, 346.625, 193.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-702- CA

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 18 / putative chitinase 分子量: 39420.320 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 343-688 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア) 株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_4489 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: B8FWJ2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Calcium Chloride, 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月2日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 92199 / Num. obs: 92149 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 0.985 / Net I/av σ(I): 17.085 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 1068698

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.5-2.52	10.6	2238	0.798	0.447	0.736	100
2.52-2.54	10.8	2279	0.851	0.4	0.75	100
2.54-2.57	10.9	2325	0.817	0.423	0.746	100
2.57-2.59	11.2	2235	0.854	0.378	0.741	99.9
2.59-2.61	11.3	2267	0.87	0.353	0.763	100
2.61-2.64	11.4	2315	0.856	0.346	0.769	99.9
2.64-2.67	11.5	2250	0.886	0.306	0.781	100	0.983
2.67-2.69	11.7	2285	0.904	0.276	0.782	100	0.893	0.936
2.69-2.72	11.6	2266	0.912	0.254	0.798	100	0.817	0.857
2.72-2.75	11.6	2300	0.924	0.239	0.8	100	0.769	0.807
2.75-2.78	11.7	2267	0.925	0.238	0.813	100	0.771	0.809
2.78-2.82	11.7	2320	0.946	0.208	0.811	100	0.674	0.706
2.82-2.85	11.6	2284	0.943	0.185	0.847	100	0.593	0.622
2.85-2.89	11.8	2264	0.952	0.177	0.849	100	0.576	0.603
2.89-2.92	11.7	2289	0.964	0.157	0.865	100	0.506	0.53
2.92-2.96	11.7	2283	0.961	0.145	0.896	100	0.465	0.488
2.96-3.01	11.8	2294	0.962	0.139	0.903	100	0.446	0.468
3.01-3.05	11.7	2294	0.976	0.116	0.919	100	0.373	0.392
3.05-3.1	11.8	2273	0.974	0.105	0.953	100	0.338	0.355
3.1-3.15	11.8	2287	0.981	0.093	0.985	100	0.298	0.313
3.15-3.2	11.8	2307	0.982	0.087	1.022	100	0.279	0.292
3.2-3.26	11.8	2288	0.985	0.078	1.063	100	0.25	0.262
3.26-3.32	11.7	2309	0.986	0.068	1.081	100	0.216	0.227
3.32-3.39	11.9	2276	0.984	0.067	1.15	100	0.214	0.224
3.39-3.47	11.8	2309	0.986	0.064	1.145	100	0.203	0.213
3.47-3.55	11.9	2281	0.991	0.056	1.171	100	0.179	0.188
3.55-3.64	11.8	2319	0.989	0.051	1.186	100	0.162	0.17
3.64-3.73	11.8	2295	0.99	0.047	1.261	100	0.148	0.156
3.73-3.84	11.8	2324	0.992	0.045	1.295	100	0.142	0.149
3.84-3.97	11.7	2314	0.991	0.041	1.367	100	0.13	0.137
3.97-4.11	11.7	2281	0.992	0.039	1.385	100	0.121	0.128
4.11-4.27	11.6	2326	0.993	0.036	1.374	100	0.114	0.119
4.27-4.47	11.5	2327	0.994	0.034	1.368	99.9	0.105	0.111
4.47-4.7	11.5	2329	0.995	0.031	1.315	100	0.097	0.102
4.7-5	11.6	2330	0.994	0.029	1.22	100	0.091	0.095
5-5.38	11.4	2343	0.995	0.027	1.032	100	0.086	0.091
5.38-5.93	11.7	2331	0.995	0.026	0.891	100	0.084	0.088
5.93-6.78	11.8	2382	0.994	0.025	0.809	100	0.08	0.084
6.78-8.54	12.1	2374	0.996	0.022	0.807	100	0.072	0.075
8.54-50	11.3	2489	0.995	0.021	0.85	98.5	0.071	0.074

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.637→39.14 Å / FOM work R set: 0.8175 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2358	3641	4.97 %
R_work	0.1844	69565	-
obs	0.187	73206	91.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.43 Å² / B_iso mean: 47.56 Å² / B_iso min: 12.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.637→39.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16357	0	19	295	16671
B_iso mean	-	-	54.76	35.14	-
残基数	-	-	-	-	2089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	16851
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.658	22996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	2482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2941
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.504	5949

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6374-2.6721	0.3307	107	0.2631	1794	1901	62
2.6721-2.7087	0.3036	85	0.2475	1991	2076	70
2.7087-2.7474	0.3253	107	0.2313	2135	2242	73
2.7474-2.7884	0.2951	103	0.2375	2218	2321	77
2.7884-2.832	0.323	110	0.246	2346	2456	81
2.832-2.8784	0.3043	132	0.2496	2465	2597	86
2.8784-2.928	0.2898	130	0.2502	2562	2692	90
2.928-2.9812	0.339	124	0.2437	2757	2881	94
2.9812-3.0385	0.3714	138	0.248	2803	2941	97
3.0385-3.1005	0.3104	173	0.2426	2773	2946	97
3.1005-3.1679	0.2669	137	0.2432	2832	2969	98
3.1679-3.2416	0.3145	167	0.2329	2787	2954	97
3.2416-3.3226	0.2447	153	0.2189	2812	2965	97
3.3226-3.4124	0.2833	152	0.2084	2798	2950	98
3.4124-3.5128	0.2427	160	0.2097	2761	2921	96
3.5128-3.6261	0.2814	149	0.1974	2849	2998	98
3.6261-3.7556	0.2214	175	0.1812	2792	2967	98
3.7556-3.9058	0.2281	137	0.1713	2825	2962	97
3.9058-4.0834	0.2206	158	0.1557	2795	2953	97
4.0834-4.2984	0.194	152	0.1449	2829	2981	97
4.2984-4.5673	0.1659	147	0.1302	2850	2997	98
4.5673-4.9194	0.1757	140	0.1231	2879	3019	98
4.9194-5.4133	0.1816	161	0.1337	2900	3061	99
5.4133-6.1939	0.2076	139	0.1514	2946	3085	99
6.1939-7.7936	0.2075	151	0.1802	2976	3127	99
7.7936-39.1441	0.1806	154	0.1661	3090	3244	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7731	0.0576	0.4358	1.6071	0.0385	1.5894	0.1343	-0.2552	0.9164	-0.3463	-0.0123	-0.0852	-0.4015	-0.0007	-0.0103	0.3186	-0.0648	0.0197	0.394	-0.2937	0.7346	-13.6153	75.8422	69.3749
2	0.2353	0.5053	0.0056	4.979	0.5725	1.315	0.1097	-0.3902	0.2878	0.3236	-0.1876	-0.1339	-0.1938	0.3574	0.0293	0.2944	-0.087	-0.0134	0.4964	-0.2273	0.4512	-10.4694	63.2826	77.0582
3	1.8905	0.3361	-0.0206	2.5885	-0.189	2.1053	0.0887	-0.5255	0.2224	0.3531	0.0251	-0.0682	0.0239	0.0183	-0.1014	0.3012	-0.0147	-0.0315	0.4536	-0.1212	0.2701	-23.7744	54.8454	75.9163
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精密化 TLSグループ

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25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 400 through 432 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 433 through 498 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 499 through 532 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 533 through 559 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 560 through 597 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 598 through 624 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 625 through 672 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 673 through 688 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 341 through 374 )	E
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 375 through 431 )	E
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 432 through 475 )	E
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 476 through 525 )	E
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 526 through 597 )	E
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 598 through 644 )	E
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 645 through 688 )	E
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 341 through 509 )	F
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 510 through 688 )	F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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