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- PDB-4wef: Structure of the Hemagglutinin-neuraminidase from Human parainflu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wef
タイトルStructure of the Hemagglutinin-neuraminidase from Human parainfluenza virus type III: complex with difluorosialic acid
要素Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / neuraminidase / hPIV3 HN / complex / difluorosialic acid / covalent inhibitor / second receptor binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DF4 / Chem-FSI / Chem-SFJ / Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Streltsov, V.A. / Pilling, P. / Barrett, S. / McKimm-Breschkin, J.
引用ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2015
タイトル: Catalytic mechanism and novel receptor binding sites of human parainfluenza virus type 3 hemagglutinin-neuraminidase (hPIV3 HN)
著者: Streltsov, V.A. / Pilling, P. / Barrett, S. / McKimm-Breschkin, J.L.
履歴
登録2014年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年11月18日Group: Database references / Experimental preparation
改定 1.32020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
B: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,82630
ポリマ－96,1552
非ポリマー6,67128
水10,647591
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area32770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.668, 218.668, 109.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein


分子量: 48077.688 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 142-572 / 変異: S408G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
遺伝子: HN / 細胞株 (発現宿主): HIGH FIVE / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6WJ03

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糖 , 5種, 11分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-FSI / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 3-FLUOROSIALIC ACID / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-L-manno-non-2-ulosonic acid / 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-manno-non-2-ulosonic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 327.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18FNO9
識別子タイププログラム
b-D-Neup5Ac3fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#7: 糖 ChemComp-SFJ / (2R,3R,4R,5R,6R)-5-acetamido-2,3-difluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]tetrahydro-2H-pyran-2-carboxylic acid / (2R,3R,4R,5R,6R)-5-(acetylamino)-2,3-difluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]tetrahydro-2H-pyran-2-carboxy lic acid / 2,3-difluoro-sialic acid / 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 329.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17F2NO8

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非ポリマー , 4種, 608分子

#6: 化合物 ChemComp-DF4 / (3R,4R,5R,6R)-5-(acetylamino)-3-fluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]-3,4,5,6-tetrahydropyranium-2-carboxylate


分子量: 309.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16FNO8
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes, 1.0M (NH4)2SO4, 1.0M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→188.98 Å / Num. obs: 50876 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.845 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000data processing
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
SCALEPACKデータ削減
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V3C

1v3c


解像度: 2.5→77.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 9.646 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 2666 5 %RANDOM
Rwork0.18944 ---
obs0.19282 50876 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→77.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6750 0 421 591 7762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.82.02210077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973.00415632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6235860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26624.077287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89151153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7461538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 181 -
Rwork0.322 3685 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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