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- PDB-4mza: Crystal structure of hPIV3 hemagglutinin-neuraminidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mza
タイトルCrystal structure of hPIV3 hemagglutinin-neuraminidase
要素Hemagglutinin-neuraminidase
キーワードHYDROLASE / viral envelope protein / viral fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Human parainfluenza 3 virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.653 Å
データ登録者Xu, R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2013
タイトル: Interaction between the hemagglutinin-neuraminidase and fusion glycoproteins of human parainfluenza virus type III regulates viral growth in vivo.
著者: Xu, R. / Palmer, S.G. / Porotto, M. / Palermo, L.M. / Niewiesk, S. / Wilson, I.A. / Moscona, A.
履歴
登録2013年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-neuraminidase
B: Hemagglutinin-neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,08819
ポリマ－97,6112
非ポリマー4,47717
水9,908550
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area34860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.782, 94.839, 105.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 48805.387 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 136-572) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human parainfluenza 3 virus (ウイルス)
株: Wash/47885/57 / 遺伝子: HN / プラスミド: pFastbac-HT / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08492, exo-alpha-sialidase

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糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h3-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 561分子

#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 26% PEG1000, 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.2, 0.1 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月6日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.5 % / 数: 552524 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.03 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 100727 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.555099.310.0310.9245.4
2.823.5599.810.0410.9835.8
2.462.8299.710.0531.0185.3
2.242.4699.810.071.0245.8
2.082.2499.610.0921.0865.2
1.962.0899.710.1341.0885.5
1.861.9699.810.2051.0835.7
1.781.8699.710.3431.0575.2
1.711.7899.610.4871.0015.4
1.651.7199.710.6921.0315.5
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 100727 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル最高解像度: 1.65 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1063精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.653→47.42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.8715 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 5027 4.99 %
Rwork0.1665 --
obs0.1681 100646 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.63 Å2 / Biso mean: 31.0154 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.653→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6813 0 288 550 7651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2510020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6982807
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.653-1.67170.26651530.23413131328499
1.6717-1.69140.25181770.219331473324100
1.6914-1.7120.25041760.218331593335100
1.712-1.73370.25731910.212731123303100
1.7337-1.75650.29371610.216331633324100
1.7565-1.78060.27781600.214631443304100
1.7806-1.8060.23151580.202131533311100
1.806-1.8330.24661610.187831683329100
1.833-1.86160.21381570.18631953352100
1.8616-1.89210.21451620.177131633325100
1.8921-1.92480.2231690.181331423311100
1.9248-1.95980.23821640.17131663330100
1.9598-1.99750.22461660.175531753341100
1.9975-2.03820.21751660.168731783344100
2.0382-2.08260.19021500.164331653315100
2.0826-2.1310.22441670.163431753342100
2.131-2.18430.20031640.17423172333699
2.1843-2.24340.21181800.173231593339100
2.2434-2.30940.20331630.167631813344100
2.3094-2.38390.20791660.172132023368100
2.3839-2.46910.21141640.16931913355100
2.4691-2.5680.20341590.171531893348100
2.568-2.68480.22411820.174931983380100
2.6848-2.82630.22441570.17283205336299
2.8263-3.00340.21521980.172531983396100
3.0034-3.23520.18841590.16432303389100
3.2352-3.56070.15561700.153232253395100
3.5607-4.07570.16921630.14623260342399
4.0757-5.1340.16011810.13193256343799
5.134-47.4390.20151830.18423417360099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47230.3467-0.45482.6088-0.44091.04050.0761-0.2282-0.00260.3251-0.2636-0.337-0.08970.30270.1650.2238-0.0172-0.03640.29170.04670.186326.58085.19922.3225
22.35550.1732-0.5672.0176-0.31173.5480.08-0.35160.18280.3577-0.2098-0.115-0.60770.1540.13330.2756-0.1013-0.030.19990.01570.189628.754419.54813.2872
31.64621.0781-0.18342.89681.29642.16520.14670.22810.2884-0.2054-0.1472-0.2454-0.61220.18370.04220.316-0.07430.0010.10460.08330.189527.213320.8679-4.7952
42.28821.25860.69382.16160.08231.9427-0.12520.2885-0.0393-0.28030.04930.1146-0.0348-0.11870.05930.13750.04640.03050.1674-0.00680.104716.47615.5445-6.32
51.20050.1819-0.17691.3193-0.37221.9398-0.0112-0.02170.04940.0675-0.0587-0.0292-0.05680.0270.04710.09380.00280.00050.07160.00980.089819.02763.902210.0157
63.8987-0.02270.83414.2405-0.47162.89930.20070.31150.4064-0.2982-0.1612-0.3421-0.46360.2238-0.02370.2967-0.01690.05850.20590.03920.184430.003448.133822.7516
73.0041-0.0963-0.33774.454-0.6493.542-0.06850.0625-0.2293-0.1956-0.06940.02650.3606-0.02950.10190.18160.0261-0.01880.1543-0.07250.165525.821426.653629.514
82.69560.3868-0.66252.8554-0.29013.8579-0.065-0.1985-0.23290.11220.0359-0.23750.4110.19330.02360.13780.0455-0.04490.1852-0.01640.193431.799928.80848.1381
95.2448-3.84620.31963.6793-1.69443.2768-0.2468-0.57180.19910.26740.22150.15850.0547-0.01130.07120.2390.0054-0.00810.375-0.10180.24813.650543.900560.0687
102.9148-0.06770.3572.4614-0.58682.5317-0.062-0.22880.08890.07090.062-0.3197-0.11590.37460.01140.1068-0.0057-0.02710.212-0.06750.199630.776440.145648.3717
111.953-0.204-0.26641.38820.29052.23260.04590.01240.0941-0.1074-0.0776-0.0006-0.1582-0.13560.02880.15730.0382-0.01090.1209-0.02590.17316.129542.388435.6116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 141:194)A141 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 195:270)A195 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 271:314)A271 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 315:376)A315 - 376
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 377:572)A377 - 572
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 138:171)B138 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 172:247)B172 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 248:340)B248 - 340
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 341:376)B341 - 376
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 377:423)B377 - 423
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 424:572)B424 - 572

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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